Gerek rüzgarlarla, gerekse diğer taşıyıcılarla çiçeklerin dişi organlarına ulaşan erkek polenler için artık yolculuklarının sonu gelmiştir. Tohumun oluşturulması için her şey hazırdır. Eşeyli üreme olarak adlandırdığımız üreme biçiminin gerçekleşmesi için en önemli aşama tohumun oluşmasıdır. Söz konusu oluşumu, en başından çiçeğin genel yapısından başlayarak incelemekte fayda vardır.
Çiçeklerin tam ortasında, meyve yapraklarından (karpellerden) oluşmuş tek ya da birkaç tane dişi organ bulunur. Her dişi organın en üst bölümünde bir tepecik, bunun altında tepeciği taşıyan bir boyuncuk ve en dipte de tohum taslaklarını barındıran şişkince bir yumurtalık vardır.
Erkek organlardan gelen çiçek tozları, yüzeyi yapışkan bir sıvıyla kaplı olan tepeciğe konarlar, sonra boyuncuk kanalıyla dipteki yumurtalığa ulaşırlar. Bu yapışkan sıvının çok önemli bir görevi vardır: Çiçek tozları boyuncuğun altındaki yumurtalığa ulaşamadıkça buradaki tohum taslaklarını dölleyemezler, bu sıvı ise çiçek tozlarının boş yere harcanmasını önler ve birleşmeyi sağlar. Tohum taslağı, ancak bu dişi ve erkek üreme hücreleri birleştiğinde tohuma dönüşür.
Çiçek tozları, tepeciğin üstüne konduktan sonra büyümeye başlar ve her çiçek tozu taneciği yani her erkek üreme hücresi, kök kadar ince bir borucuk geliştirerek, dişi organın boyuncuğundan yumurtalığa doğru uzatır. Bu borucuklardan her birinin içinde iki tane çekirdek vardır. Borucuk uzayarak yumurtalığa ulaştığında kopar ve içindeki hücre çekirdekleri serbest kalır. Böylece çekirdeklerden biri yumurtalıktaki yumurta hücresiyle birleşir. Bu oluşum ileride tohumu meydana getirecektir. Diğer çekirdek de aynı tohum taslağındaki başka bir hücreyle birleşerek tohumun çimlenmesi için gerekli besin deposunu oluşturur. İşte bu olaya döllenme denir.
Döllenmeden sonra dayanıklı bir tabaka yumurtayı sarar ve embriyo bir tür dinlenme evresine girer, çevresinde depolanan besin maddeleriyle tohumu oluşturur.
Erkek ve dişi eşey hücrelerinin birleşmesiyle oluşan her tohumda, bir bitki embriyosu ve bir de besin deposu vardır. Bu, tohumun gelişimi için çok önemli bir detaydır çünkü toprak altında bulunduğu ilk zamanlarda, tohumun kökleri ve besin üretebilecek yaprakları yoktur ve bu süre zarfında büyüyebilmek için bir besin kaynağına ihtiyacı olacaktır.25
Bu tohumları çevreleyen embriyo ve besin deposu gerçekte bizim meyve olarak adlandırdığımız besinlerdir. Bu yapılar, tohumu beslemek amaçlı olduğu için besin değeri yüksek olan proteinleri ve karbonhidratları içerirler. Bu haliyle hem insanlar, hem de diğer canlılar için vazgeçilmez bir besin kaynağı oluştururlar. Her meyve içerdiği tohumu en iyi şekilde koruyup besleyecek niteliklere sahiptir. Etli kısmı, su miktarı, dış zarının yapısı tohumu en etkili koruyacak şekildedir.
Burada önemli bir detay daha vardır: Her bitki yalnız kendi türünden bir bitkiyi dölleyebilir. Eğer bir bitkinin çiçek tozları başka türden bir bitkinin tepeciğine konarsa, bitki bunu anlar ve yumurtalığa ulaşmak üzere bir borucuk uzatmaz; sonuçta döllenme olmadığından tohum gelişmez.26
Mesela buğdayın çiçek tozları bir elma ağacının çiçeklerine taşınırsa ağaç elma vermez. Bu noktada biraz durup düşünmek, olayın olağanüstülüğünü kavramamız açısından faydalı olacaktır. Bir bitkinin çiçeği kendi türündeki bir bitkinin çiçeğinden gelen poleni tanımaktadır. Şayet kendi türünden ise döllenmeyi başlatacak işlemleri yapar. Eğer gelen polen kendi türünden bir bitkiye ait değilse, bitki döllenmeyi başlatmaz. Peki belirli kriterlere göre kendi türüne ait poleni ayırt eden "çiçek tepeciği" bu teşhisi yapmayı nasıl öğrenmiştir? Yabancı polenlere karşı mekanizmayı kilitlemesi gerektiğini nereden bilmektedir? Hiç kuşkusuz bitkinin her ayrıntısına hakim olan akıl, çiçeğindeki bu mekanizmayı da en güzel biçimde düzenlemiş ve nesillerin devamını garanti altına almıştır.
Tohum embriyosunun ne gibi bir ortamda gelişeceği, gelişme evrelerinde nelere ihtiyacının olacağı, topraktan çıktığı zaman nelerle karşılaşacağı ve nasıl bir korunmaya gereksinim duyacağı gibi, ihtiyacı olacak her detay önceden düşünülmüş ve tohum bu ihtiyaçlara göre tasarlanmıştır. Tohumların koruyucu dış katmanları (tohum kılıfları) genellikle çok serttir. Bu yapı, tohumu karşılaşacağı dış etkenlere karşı korur ve bulunulan ortama göre değişiklikler gösterir. Örneğin bazı tohumların gelişiminin son aşamasında dış yüzeylerinde dayanıklı mumlu bir yapı birikir, bu sayede su ve gaz tesirine karşı dirençli olurlar.
Bitkilerin yaşamındaki kusursuz yapılar sadece bu kadarla sınırlı değildir. Tohum kılıfları da bitkinin türüne göre değişik malzemelerle kaplanabilir; mesela fasulye tanesinde olduğu gibi ince bir zarla ya da kiraz çekirdeğinde olduğu gibi odunsu ve sert bir kabukla örtülü olabilir. Suya dayanıklı olması gereken tohumların kabukları diğerlerine göre daha sert ve kalındır. Ayrıca her türe göre tohumlara çok farklı şekiller ve farklı büyüklükler verilmiştir. Uzun süre çimlenmeden dayanması gerekenlerin (örneğin hindistan cevizi tohumları) içindeki besin miktarı ile suyla karşılaştıktan kısa bir süre sonra filizlenmeye başlayanların (kavun, karpuz vs.) besin miktarı farklıdır.
Görüldüğü gibi tohumların bozulmadan kalmaları ve kolay üremeleri için çok ayrıntılı sistemler vardır. Bitkilerin üremeleri için gereken özel olarak tasarlanmış bu sistemlerin her kademesinde görülen akıl, bu sistemlerin üstün güç sahibi olan Allah tarafından yaratılmış olduğunun çok açık bir delilidir.