Bir bakteri hücresinden bitki hücrelerinin evrimleşmesi kesinlikle mümkün olmamasına rağmen, evrimci bilim adamları bu gerçeği görmezden gelmeye çalışarak birçok tartışmalı hipotezler ortaya atmışlardır. Ancak yapılan deneyler ortaya atılan bu hipotezleri çürütmektedir.93 Bu hipotezlerden en popüler olanı "endosimbiosis" tezidir.
Bu tez 1970 yılında Lynn Margulis tarafından ortaya atılmıştır. Margulis Ökaryotik Hücrelerin Kökeni isimli kitabında bakteri hücrelerinin ortak ve asalak yaşamları sonucunda bitki ve hayvan hücrelerine dönüştüklerini iddia etmektedir. Bu teoriye göre, bitki hücreleri bir bakteri hücresinin bir başka fotosentetik bakteriyi yutmasıyla ortaya çıkmıştır. Fotosentetik bakteri ana hücrenin içerisinde evrimleşerek kloroplast haline gelmiştir. Son olarak ana hücrede, her nasıl olduysa, çekirdek, golgi, endoplazmik retikulum ve ribozomlar gibi son derece kompleks yapılara sahip organeller evrimleşmiştir. Böylece bitki hücreleri oluşmuştur.
Görüldüğü gibi evrimcilerin bu tezleri tamamen hayal ürünü olan bir senaryodan başka bir şey değildir. Bütün masalsı anlatımına rağmen, bu senaryo evrimciler açısından mutlaka ortaya atılması gereken bir senaryoydu. Çünkü evrimcilerin, hem bitki hücresi gibi kompleks bir yapının, hem de fotosentez gibi canlılar alemindeki en hayati reaksiyonun nasıl ortaya çıktığını bir şekilde açıklamaları gerekiyordu. Margulis'in bu teorisi, hücrenin sahip olduğu bir özelliğe dayandırıldığı için, diğer iddialardan daha avantajlı gibi görünüyordu. Bu yüzden Margulis'in ortaya attığı bu tez, çıkmaz içindeki pek çok evrimci bilim adamı tarafından bir can simidi olarak görüldü.
Evrimciler bitki hücresinin bir özelliğine dayanarak bu teoriyi savundular. İşte bu özellik, hücrenin bütünü göz ardı edilerek tek başına ele alındığında, konu hakkında bilgisi olmayan kişileri aldatmaya elverişli bir özellikti. Fakat bu durum konu hakkında önemli çalışmalar yapan pek çok bilim adamı tarafından da çok yönlü olarak eleştirildi: Bu bilim adamlarına örnek olarak D.Lloyd94, Gray ve Doolittle95, Raff ve Mahler'i verebiliriz.
Endosimbiosis tezinin dayandırıldığı özellik, hücre içerisindeki kloroplastların ana hücredeki DNA'dan ayrı olarak kendi DNA'larını içermesidir. İşte bu özellikten yola çıkarak bir zamanlar mitokondri ve kloroplastların bağımsız hücreler oldukları ileri sürülür. Ne var ki kloroplastlar detaylı olarak incelendiğinde, bu iddianın göz boyamaya yönelik bir senaryodan başka bir şey olmadığı görülür.
Margulis'in endosimbiosis tezini geçersiz kılan noktalar şunlardır:
1. - Öncelikle kloroplastlar iddia edildiği gibi geçmişte bağımsız hücreler iken büyük bir hücre tarafından yutulmuş olsalardı bunun tek bir sonucu olurdu; o da, bunların ana hücre tarafından sindirilmesi ve besin olarak kullanılmasıdır. Çünkü söz konusu ana hücrenin dışarıdan besin yerine yanlışlıkla bu hücreleri aldığını varsaysak bile, ana hücre sindirim enzimleriyle bu hücreleri sindirirdi. Tabii bu durumu bazı evrimciler "sindirim enzimleri yok olmuştu" diyerek geçiştirebilirler. Ama bu, açık bir çelişkidir. Çünkü eğer hücrenin sindirim enzimleri yok olmuş olsaydı bu kez beslenemediği için ölmesi gerekirdi.
2. - Yine, tüm imkansızların gerçekleştiğini kloroplastın atası olduğu iddia edilen hücrelerin ana hücre tarafından yutulduğunu varsayalım. Bu kez karşımıza başka bir problem çıkar: Hücre içerisindeki bütün organellerin planı DNA'da şifre olarak bulunmaktadır. Eğer ana hücre yuttuğu diğer hücreleri organel olarak kullanacaksa onlara ait bilgiyi de DNA'sında şifre olarak önceden bulunduruyor olması gerekirdi. Hatta yutulan hücrelerin DNA'ları da ana hücreye ait bilgilere sahip olmalıydı. Böyle bir durumun gerçekleşmesi ihtimalinin olmamasın