Tüm bunların yanı sıra iyonları taşımak için enerji gerektiren protein "pompa"ları kullanılır. En iyi bilinen pompalama sistemlerinden birisi sodyum-potasyum pompasıdır. Hücre zarında kanal oluşturan protein, hücrenin toplam enerji üretiminin üçte birini yakıt olarak kullanır. Bu protein gece gündüz hiç durmaksızın hücre dışına sodyum iyonlarını pompalarken, bunların yerine potasyum iyonlarını içeri çeker. Her "pompalama" işlemi sırasında hücrenin dışına 3 sodyum (Na+) gönderilir ve hücre içine 2 potasyum (K+) alınır.49 Böylece bu pompa sayesinde hücre içinde sodyum (Na+) ve potasyum (K+) iyonlarına bağlı farklı yoğunluk durumları oluşur. Vücuttaki bütün hücrelerde bulunan bu pompalar, hücre içinde iyon yoğunluğunu sağlamak ve hücre hacmini kontrol etmek için kullanılır.
Taşıyıcı proteinin hücrenin içine doğru çıkıntı oluşturan tarafında, sodyum iyonlarının bağlanması için üç alıcı bölge mevcuttur. Dış tarafında ise potasyum iyonları için iki alıcı bölge vardır. Taşıyıcı proteinin iç tarafına üç sodyum bağlandığı zaman, proteinin ATP-az (ATP içindeki bir enzim) fonksiyonu aktifleşir. Bu enzim yüksek enerji taşıyan ATP'yi (Adenozin trifosfat: Canlıların doğrudan kullandığı hücresel enerji) parçalar ve onu ADP'ye (Adenozin difosfat: ATP'den fosfat grubunun ayrılmasıyla oluşan bileşen) dönüştürür. Enerjinin serbest kalmasıyla birlikte, taşıyıcı protein molekülünde bir şekil değişikliği meydana gelir ve sodyum iyonlarının dışarıya çıkmasına, potasyum iyonlarının da içeriye girmesine neden olan bir "pompalama" olayı gerçekleşir.
Yukarıda genel hatlarıyla tarif etmeye çalıştığımız iyon pompalama sistemi, pek çok bilim adamının üzerine yıllarını harcadığı, hakkında ciltlerce kitap yazdığı, hücre zarında gerçekleşen kompleks işlemlerden sadece biridir. Elektron mikroskobu altında ortaya çıkan tüm bu detaylar elbette ki çok hikmetlidir. Allah insanı bu sistemlerin her birinin çalışmasına muhtaç olarak yaratmıştır. Çağımızda ortaya çıkan bu bilgiler, Allah'ın her yeri sarıp kuşatan sonsuz ilmini takdir edebilmemiz açısından önemli birer fırsattır. Bir Kuran ayetinde şöyle bildirilir:
... Rabbim, ilim bakımından herşeyi kuşatmıştır. Yine de öğüt alıp-düşünmeyecek misiniz? (Enam Suresi, 80)