Bu konuyu daha iyi anlayabilmek için, fabrika örneğini hatırlayalım; hücrenin içinde protein üretimi için kurulmuş düzeni dev bir fabrikaya benzetmiştik. Bu dev tesis yüzlerce çeşit ürünü, örneğin, jet uçağını, televizyonu, uzay mekiğini, diyaliz makinasını, hem de bunların binlercesini aynı anda üretebilir. Yeryüzünde bu kadar farklı ürünü kusursuz olarak yapabilecek bir fabrika elbette yoktur. Ama biz hücredeki üretimin mükemmelliğini anlatabilmek için hücreyle benzer özelliklere ve kabiliyetlere sahip bilim-kurgu tarzı bir fabrika modeli hayal edelim.
Böyle teorik bir fabrikanın şu şekilde çalışması gerekir: Fabrika dışardan gelen bir emirle, örneğin, bir savaş uçağı yapma kararı alır. Uçağın teknik hesapları diğer bütün ürünlerin teknik ölçüm ve hesaplarıyla birlikte fabrikanın bilgisayarında kayıtlıdır. Bilgisayar bütün bu hesap ve ölçümleri montaj ve üretim robotlarının anlayabileceği planlara döker. Bu planlar özel bir iletişim sistemiyle montaj robotuna gönderilir.
Montaj sistemi titizlikle uçağı yapmaya koyulur. Uçağın herbir parçası, yalnızca o parçadan sorumlu olan uzman tarafından montaj robotuna getirilir ve ilgili yerlere monte edilir. Yapılacak en küçük hata uçağın düşmesine neden olacaktır; ama sistem hata yapmaz. İstisnai olarak hatalı bir ürün üretilirse, bu ürün hassas kontrolörler tarafından anında tesbit edilir ve kesinlikle devre dışı bırakılır. Dahası, hatalı ürün, parçalarına ayrılarak bu parçalar yeni üretimlerde tekrar kullanılır. Hiçbirşey israf edilmez. Fabrika aynı ortamda, yüzlerce uçak, diyaliz makinesi, bilgisayar, otomobil gibi birbirinden farklı ürünleri aynı anda üretebilmektedir. Bu ürünlerin bazılarını kendisi kullanır, bazılarını da dışarı satar.
Hücredeki organizasyon bu bilim-kurgu örnekten çok daha mükemmeldir. Başta da belirttiğimiz gibi, insan vücudunda 200.000 tane birbirinden farklı protein çeşidi kullanılır ve bunların hepsi hücrelerde üretilir. Her hücrede bütün proteinlerin yapım planları mevcuttur. Buna karşın, hücre yalnızca kendi içinde kullanacağı ve dışarıya ihraç edeceği proteinlerin bilgisini kendi DNA'sından seçer ve üretimini bu doğrultuda yapar. Üretilen proteinlerin aralarındaki işlevsel farklar ise en az, bir uçakla, televizyonun arasındaki fark kadar büyüktür.