Hemoglobin ile ilgili olarak Darwinistleri açmaza sokan, sadece hemoglobinin oksijen taşıma özelliği değildir. Hemoglobin aynı zamanda verdiğimiz nefes ile dışarı attığımız karbondioksiti de hücrelerden teker teker toplama yeteneğine sahiptir.
Karbondioksitin kanda taşınması oksijen kadar riskli değildir. İşte bu nedenle karbondioksit kanda oksijenden çok daha büyük miktarlarda taşınabilir. Dinlenme sırasında 100 ml kan, dokulardan akciğerlere ortalama 4 ml karbondioksit taşır. Oksijen taşıyan hemoglobin kana parlak kırmızı rengini verirken, karbondioksiti akciğerlere geri döndüren hemoglobin parlaklığını kaybeder ve koyu kırmızı, mora yakın bir renk alır. Deri yüzeyindeki damarların koyu renk görünmesinin nedeni işte budur.
Karbondioksit, kan içinde genellikle karbonik asik formunda taşınır. Sadece ortalama %5'lik bir kısmı hemoglobine bağlanarak akciğerlere iletilmektedir. Karbondioksidin %10'luk bir kısmı ise çözünmüş gaz halindedir.
Karbondioksit, hemoglobine oldukça zayıf bir bağ ile bağlanır. Serbest kalıp hemoglobinden uzaklaşması aşamasında ise devreye giren faktör yine oksijendir. Haldane etkisi dediğimiz bu kimyasal olayda, karbondioksitten daha kuvvetli bir asit olan oksijen hemoglobine bağlanır ve karbondioksitin kandan uzaklaşmasını sağlar. Haldane etkisi, dokularda oksijen ihtiyacı baş gösterdiğinde, hemoglobinin oksijenden ayrışıp daha fazla karbondioksite tutunmasını sağlarken, aynı kimyasal etki akciğerlerde tam tersi etki göstermektedir. Oksijen miktarının daha fazla olduğu akciğerlerde, güçlü asit etkisi ile oksijen hemoglobine bağlanmakta ustaca davranır ve karbondioksit, çıkış kapısına geldiğinde, "mecburen" bağlı olduğu hemoglobinden ayrılmak zorunda kalır.27
Bahsettiğimiz bu işlem, son derece karmaşık kimyasal bir olaydır. Burada dikkat çekilmesi gereken nokta ise, hemoglobinin oksijen ve karbondioksit alışverişini yaptığı noktaların mükemmel bir hassasiyetle belirlenmiş olmasıdır. Hemoglobin, dokularda oksijeni bırakmalı ve karbondioksiti yüklenmelidir, karbondioksitin çıkış yeri olan akciğerlerde ise söz konusu alışverişin tersi yapılmalıdır. Bu değişim, bedenin hiçbir zaman bir başka noktasında gerçekleşmez. Bu dönüşüm sistemini sağlayan kimyasal dengenin, kan dolaşımıyla aynı anda ortaya çıkmış olması ise zorunludur, zaman içinde, rastlantısal mutasyonlarla, kademe kademe evrimleşmesi mümkün değildir.
Kimi zaman da kandaki hemoglobin genellikle dış etkilerle oluşan karbonmonoksite bağlanır. Karbonmonoksit zehirlenmesi adı verilen olay işte budur. Hava gazı, kömür gazı veya egzozdan çıkan gazların havaya karbonmonoksit olarak karışmasının ardından vücuda alınan bu gaz kandaki hemoglobine bağlanır. Böylece hemoglobine bağlı veya bağlanacak olan oksijenin yerine geçer. Hemoglobinin karbonmonoksite ilgisi ise oksijene olan ilgisinden daha fazladır. Hemoglobin karbonmonoksite 500 kez daha sıkı bağlanır ve bu durum oksijen eksikliğinden ölüme neden olabilir.28