Bakteriler insan da dahil olmak üzere daha pek çok canlının metabolizmasına girerek doğrudan ona veya dolaylı olarak canlılığa fayda sağlamaktadırlar. Bakterilerin birçok çeşitten oluşan büyük alemlerinde, karşılıklı faydaya dayalı yaşam örnekleri o kadar çoktur ki, bakteriler yeryüzünün gözle görülür en küçük canlılarından olan termitlerin sindiriminde bile görev başındadırlar. Selülozu tek başına sindirebilme yeteneğine sahip olmadığından bu işlem için bakterilere ihtiyaç duyan termitlerin tek bir tanesinin bağırsağında bile 2,7 milyon bakteri bulunmaktadır.41 Aynı şekilde metabolizması selülozu sindirmeye uygun olmayan geviş getiren hayvanlarda da sindirimi bakteriler sağlarlar.
Bakteriler sağlıklı bir insan vücudunun her tarafında yaşarlar. Çeşitli tahminlere göre insan cildinin bir santimetre karesine 10 milyon bakteri düşmektedir. Örneğin yalnızca dilin üzerinde 80 farklı türün yaşadığı ve dışarıya atılan bakterilerin ise 100 milyar ile 100 trilyon arasında değiştiği bilinmektedir. Bir santimetre kare insan bağırsağında ise yaklaşık 10 milyar organizma yaşamaktadır.42
Belfast, Queen Üniversitesi'nden Mikrobiyoloji Profesörü Mark Pallen sağlıklı bir insan vücudunda bulunan bakterilerle ilgili şunları söylemektedir:
Yalnızca ağzın içinde 80 farklı tür vardır. Fransa'da Jouy-en-Josas Ekoloji ve Fizyoloji Laboratuvarları'nda yapılan çalışmalarda bağırsaklarda 80 çeşit mikrobun bulunduğu ortaya çıktı. Vücutta yaşayan mikroplar ile ilgili kesin bir rakam vermek zor, ancak vücudumuzu sürekli sağlıklı tutan mikroorganizma türünün 200 civarında seyrettiğini söyleyebiliriz.43
Mark Pallen'in belirttiği bu 200 sayısı vücuttaki mikroorganizma "türlerinin" sayısıdır. Bu 200 türün ise milyonlarca üyesi bulunmaktadır. Her biri vücut içinde çeşitli işlevlere sahiptir. Bizler ise, bedenimizde yaşayan böylesine kalabalık bir topluluğun varlığından genellikle haberdar olmayız. Oysa onlar, her dakika, her saniye yaşayabilmemiz için faaliyet halindedirler. Bakterilerin bu şekilde bir simbiyoz yaşam içinde oldukları pek çok canlı vardır. Bunlardan birkaç örnek verelim.