Bakteriler, bitkilerle de karşılıklı faydaya dayanan bir ilişki içine girerler. Örneğin bezelyede ve bezelyenin köklerinde nitrojen bağlayıcı niteliğe sahip bakteriler yaşamaktadırlar. Nitrojenin, yani azotun bir canlı için çok büyük bir öneme sahip olduğundan daha önce bahsetmiştik. Nitrojene sahip olamadığı sürece bu bitki er-geç ölecektir. Bu nedenle köklerinde beslenen bakteriler son derece önemlidir. Bakterilerin bezelyeyi tercih etmelerinin sebebi ise bu bitki ile bakteriler arasındaki kimyasal iletişimdir. Simbiyotik bakteri, bitkilerdeki bazı genleri harekete geçirerek köklerde küçük kabarcıkların oluşmasını sağlar. Bakteri, oluşan bu kabarcıkları kendisi için bir barınak olarak kullanır. Bunun karşılığında ise bitki, hiç tükenmeyecek bir nitrojen deposuna sahip olur.44
Bir başka simbiyoz ilişki de kirpi balığı ile bağırsak bakterileri arasında yaşanmaktadır. Kirpi balıkları farklı bir savunma sistemine sahiptir ve oldukça zehirlidirler. Bu zehir tetrodoxin olarak adlandırılır ve kirpi balığının bağırsağında yaşayan bakteriler tarafından üretilir. Bakterilerin ürettiği bu zehirli toksinin büyük bir bölümü balığın karaciğerinde, bağırsağında ve diğer iç organlarında olmasına rağmen zehir hayvanın vücudunun her yerine yayılmaktadır. Hatta zehrin bir kısmı balığın kaslarının iç kısımlarına kadar girer. Dolayısıyla kirpi balığını ve bu balığın larvalarını yiyen canlılar son derece büyük bir tehlikeyle karşı karşıya kalırlar. Böyle bir tehlikenin farkında olan düşmanlar, kirpi balığına yaklaşmayı pek denemezler.45 Bakterilerin bu katkıları, balığın diğer balıklara yem olmasını önlemektedir. Elbette burada önemle üzerinde durulması gereken, diğer balıklar için büyük bir tehlike teşkil eden zehirin, kirpi balığının tüm vücuduna yayılmasına rağmen ona zarar vermemesidir. Bu, kirpi balığının korunması için Allah'ın özel olarak yarattığı kusursuz bir tasarımı göstermektedir. Bu ortak yaşam örneğinde başka mucizeler de vardır. Etraftaki diğer balıkların kirpi balığındaki tehlikeyi fark ederek ona yaklaşmamaya çalışmaları, bakterilerin büyük bir çaba göstererek böyle bir korunma yöntemi geliştirmiş olmaları, Allah'ın canlıları birbirileriyle uyumlu olarak yarattığını gösterir. Bu örneklerde şuurlu bir tasarım, üstün bir yaratılma vardır.
Bakteriler, tüp solucanları ile de ilginç bir ilişki içindedir. Bu canlının sahip olduğu tüpler, her bir gramına 100 milyar bakterinin sıkışarak sığabileceği bir doku ile doludur. Tüp solucanlarının kırmızı tüyleri, oksijen yerine bakterileri beslemek için hidrojensülfat taşıyan kanla doludur. Buna karşılık bakteriler de hidrojensülfatı okside ederler ve bu oksidasyon sonucunda ortaya çıkan karbondioksidi, solucanı besleyen karbon bileşiklerine çevirirler.46 Yani aralarındaki ilişki karşılıklı besin alışverişine dayanmaktadır. Solucan bakteriyi beslerken bakteri de solucan için besin üretmektedir.
Denizlerde yaşayan bir başka solucan cinsi Riftia Pachyptila ise bakterilere, besinlerin sindirimi için ihtiyaç duyar. Bu solucan cinsinin sindirim sistemi yoktur. Önceleri sindirim sistemi olmayan bu canlının deri yoluyla deniz suyunda erimiş organik maddeleri emerek beslendiği sanılmıştı. Ancak derisinin yüzeyi, hacmine göre o kadar küçüktür ki, canlının bu şekilde beslenemeyeceği kısa bir süre içinde anlaşılmıştır. 1981 yılında solucanın organik molekülleri emerek değil, normal bir şekilde beslendiği, ancak sindirim işlemini bakterilerin üstlendikleri hayretle keşfedilmiştir. Bakteri ile solucanın aralarındaki dayanışma ise gerçekten de son derece akılcıdır. Solucanın solungaçları ile aldığı sıvı, kükürt ve oksijence zengindir. Bu maddeler kan yoluyla bakterilerin bulunduğu yere giderek burada bakterilerin organik bileşikler yapmalarını sağlamaktadır. Solucan besin olarak bu maddeleri kullanmakta, solucanın karbondioksit, azotlu maddeler gibi metabolizma artıkları da tekrar bakterilerce alınarak besine çevrilmektedir. Normal şartlarda bütün bu kimyasal işlemler sonucunda oluşan kükürtlü hemoglobinin oksijeni taşıyamaması, aynı zamanda solunum enzimleri için toksik yani zehirli bir etkiye sahip olması gerekmektedir. Ancak bu sorun da özel bir tasarım sayesinde çözülmüştür. Solucanın karnında çok fazla kükürt bağlayarak hemoglobini koruyan bir protein bulunmaktadır.47
Solucanın gövde boşluğu bakterinin konaklamasına, bakterinin ürettiği besin solucanın beslenmesine, solucanın atıkları bakterinin yaşamasına neden olmakta, üretilen enzim de bütün bu işlemler sonucunda solucanın zehirlenmesini engellemektedir. Bu küçücük örnekteki sayısız sebep sonuç ilişkisi tek bir gerçeğe işaret eder. Allah bu gerçeği bir ayette şöyle bildirmektedir:
Göklerde ve yerde olanlar Allah'ındır. Şüphesiz Allah, Gani (hiç kimseye ve hiçbir şeye muhtaç olmayan)dır, Hamid (hamd da yalnızca O'na ait)tir. Eğer yeryüzündeki ağaçların tümü kalem ve deniz de -onun ardından yedi deniz daha eklenerek- (mürekkep) olsa, yine de Allah'ın kelimeleri (yazmakla) tükenmez. Şüphesiz Allah, üstün ve güçlüdür, hüküm ve hikmet sahibidir. (Lokman Suresi, 26-27)