Vücudumuza giren bakterilerin bir kısmının faydalı olduğunu bir kısmının da hastalıklara neden olduğunu biliyoruz. Hastalıklara neden olan bakterilerin ortadan kaldırılabilmesi için kullanılan yegane yöntem antibiyotiklerdir. Vücuda çeşitli şekillerde verilen antibiyotiklerin bazısı bakterileri "öldürür", bazısı da onların gelişmelerini ve üremelerini önler. Görevini tamamlayan antibiyotik temizlik işini de vücudun savunma sistemine bırakır. Örneğin kimi antibiyotikler bakterinin zarını hedef alırlar. Bu antibiyotikler bakterinin kendisini dış etkilerden koruyacak bir kabuk oluşturmasını önlerler. Böylelikle bakterinin içine sıvı hücumu olur ve hücre patlayarak etkisiz hale gelir.
Kimi antibiyotikler ise hücreye giriş çıkış yapan yaşamsal maddelerin hücre içindeki düzeylerini değiştirirler. Bilindiği gibi hücre zarı, hücreye faydalı şeyleri ayrıştırarak hücrenin içine alan, zararlıları ayıran ve atıkları da dışarıya ileten "seçici geçirgen" bir yapıya sahiptir. Antibiyotik etkisini, bakterinin hücre zarının bu özel geçirgenliğini değiştirerek gösterir. Böylelikle zar seçici geçirgenlik özelliğini kaybeder. İçine besin alamayan ve zararlı maddelerin girişine açık olan bakteri kısa süre sonra ölür.
Bazı antibiyotikler bakterilerin proteinlerini hedef alırlar. Proteinler hücrelerin yaşamsal işlevlerini gerçekleştirirler. Dolayısıyla olmamaları durumunda yaşamsal işlevler aksar. Bu aksama kaçınılmaz olarak bakterinin ölümü ile sonuçlanır. Proteinlerin üretimini ise hücrede ribozom yapar. Antibiyotiklerin görevi, ribozomun sistemini bozarak protein üretimini yavaşlatmak, hatta yanlış proteinler üretilmesini sağlamaktır. Başka bir antibiyotik ise yine proteinlerin oluşması için gerekli olan nükleik asitlerin üretilmesini engeller.59 Nükleik asit üretilemediğinde yine bakteri protein yokluğundan ölmüş olacaktır.
Sonuçta antibiyotikler bizleri zararlı bakterilerden koruyabilir. Bunun için gerekli olan, normal şartlarda bakterinin yapısını bilmek ve buna uygun bir antibiyotik üretebilmektir. Ama bu hiç de sanıldığı kadar kolay olmaz. Bakterilerin antibiyotiklere karşı geliştirdikleri çeşitli taktikleri, kendilerini koruma biçimleri vardır. Bakteriler, yani birkaç mikron büyüklüğündeki bu tek hücreli canlılar, yine akıllı davranarak sayısız insanın laboratuvar şartlarında üstün teknoloji kullanarak ürettikleri antibiyotiklere karşı, kendi genlerini değiştirerek birkaç saniye içinde direnç gösterebilirler.