Eğer bir hidrojen atomu iki atom tarafından ortaklaşa kullanılırsa bu bağa hidrojen bağları adı verilir. Bunun için söz konusu iki atomun negatif elektrik yüküne sahip olması gerekmektedir. Buna verilecek en iyi örnek oksijen ve azot atomlarıdır. Hidrojen, oksijen ve azot atomuna kovalent olarak bağlanabilir. Bu atomlarda bulunan elektronlar, oksijen ve azot atomlarına hidrojenden daha yakın durumdadırlar. Bunun da nedeni bu atomların çekim kuvvetlerinin daha güçlü olmasıdır. Dolayısıyla hidrojenin ve bağlanacağı diğer atomun elektronları hidrojen atomundan uzaklaşırlar. Eksi yüklü elektronların hidrojenden uzaklaşmaları hidrojeni pozitif duruma getirir ve iki negatif yüklü atom arasında hidrojeni sabit tutar. İki atom arasında dolaşan hidrojen atomu böylelikle bir bağ haline gelir ve iki atom arasında bir hidrojen bağı oluşmuş olur.
Hidrojen bağları zayıf bağlardır. Bir bağın "zayıf" olmasının anlamı, bu bağın kopması için az miktarda enerjinin yeterli olmasıdır. Zayıf bağlar organizmada bulunan büyük moleküllerin şekillenmesinde çok önemli bir rol oynarlar. Bunun nedeni bu bağların "esnek" olmasıdır. Meydana getirdikleri maddeye esneklik kazandırırlar. Ancak bu esneklik sırasında bağlarda herhangi bir kopma meydana gelmez. Hidrojen bağlarının bu ayrıcalığı yeryüzündeki pek çok molekül için oldukça büyük bir önem teşkil etmektedir. Buna verilebilecek en açık örnek DNA molekülüdür. Bu molekülün vücutta meydana getirdiği birbirinden mucizevi işlemler, büyük ölçüde sahip olduğu hidrojen bağlarının bir sonucudur. Bu konuya ve hidrojen bağları sayesinde ayrıcalık elde eden diğer moleküllere sonraki sayfalarda detaylı olarak değineceğiz.
Molekül konusunu işlerken sık sık hatırlamamız gereken bir gerçek vardır. Sizi ve sizin yaşamınızı oluşturabilmek için meydana gelen atom kombinasyonları insanın tahmin edebileceğinden çok daha fazladır. Düşünün ki, görünebilir tek bir noktada bile galaksimizde mevcut olan yıldız sayısından çok daha fazla atom bulunmaktadır.9 Elinizdeki elma, içinde yaşadığınız ev, üzerinde yaşadığınız gezegen ve hatta kendi bedeniniz atomlardan meydana gelmektedir. Yukarıda anlattığımız bağlar ise, son derece küçük boyuttaki elektronların boşluk içinde yaptıkları gezintilerden başka bir şey değildir. Bu gezinti; soluduğumuz havayı, yaşadığımız evi, köpeğimizi, çiçeğin kokusunu, elmanın tadını, içtiğimiz suyu, vücudumuzdaki enzimleri, gezegenleri, kısacası var olan herşeyi meydana getirir.
Tek bir noktada milyonlarca sayıda bulunan bu atomlar arasında gezinti yapan elektronların sayısını tahmin edebilir misiniz? Bu kadar küçük bir dünyanın içinden bu kadar kapsamlı ve geniş bir alem çıkması, güçlü elektron mikroskoplarıyla bakıldığında bile belli belirsiz bir toz bulutundan ibaret olan elektronların böyle büyük bir mucize meydana getirmeleri olağanüstü bir durumdur. Yokluktan varlığın oluşması, boşluktan ağırlığın ve maddenin meydana gelmesi, renksizlikten rengin, kokusuzluktan kokunun ortaya çıkması, Allah'ın yaratışındaki üstünlüğün delillerindendir. Tek bir elektrondan dağlara, yıldızlara ve insanlara kadar herşeyi kusursuzca yaratan, sonsuz ilim, kudret ve akıl sahibi, yerlerin ve göklerin hakimi olan Allah'tır. Bir ayette şu şekilde bildirilir:
Allah... O'ndan başka ilah yoktur. Diridir, kaimdir. O'nu uyuklama ve uyku tutmaz. Göklerde ve yerde ne varsa hepsi O'nundur. İzni olmaksızın O'nun katında şefaatte bulunacak kimdir? O, önlerindekini ve arkalarındakini bilir. (Onlar ise) Dilediği kadarının dışında, O'nun ilminden hiçbir şeyi kavrayıp-kuşatamazlar. O'nun kürsüsü, bütün gökleri ve yeri kaplayıp-kuşatmıştır. Onların korunması O'na güç gelmez. O, pek yücedir, pek büyüktür. (Bakara Suresi, 255)