Proteinleri bir bina gibi düşünürsek, amino asitleri de bu binanın tuğlaları olarak örneklendirebiliriz. Doğada 20 çeşit amino asit vardır ve bu amino asitler her protein için özel bir dizilimle peşpeşe bağlanırlar. Bu bağlanma her protein için özeldir ve bir proteinde en az 300 tane amino asit vardır. Örneğin "Glisin" adı verilen bir amino asit tek bir proteinin üretilmesi sırasında 20 veya 30 değişik yerde sıralamaya katılır. Bu amino asitlerin sıralaması gerçek anlamda kusursuzdur ve bir protein molekülü ancak bu kusursuz sıralamaya sahip olduğu sürece işlev görebilir. Bu sıralamadaki en küçük hata, ortaya işe yaramaz bir molekül yığını çıkaracaktır. Ancak böyle bir durumla genellikle karşılaşmayız. Aminoasitler her zaman mükemmel bir dizilimle biraraya gelir ve vücutta mutlaka görevlerini yerine getirir, yani protein molekülünü oluştururlar.
Protein molekülünde bulunan 20 çeşit amino asitin hepsi benzer bir yapıya sahiptir. Bütün amino asitlerde karbona bağlı "karboksil" adı verilen bir grup, bir de amino grubu bulunmaktadır. Yapı olarak aynı olan bu amino asitleri birbirlerinden farklı yapan tek şey, sahip oldukları yan zincirlerdir. Yan zincirlerin edindikleri farklı atomlar ve farklı bağlantılar nedeni ile değişik yapılara, farklı elektrik yüküne ve suda değişik oranlarda çözünürlüğe sahiptir olurlar.
Aminoasitler, proteinleri meydana getirebilmek için peptid bağları adı verilen özel bir bağ ile birbirlerine bağlanırlar. Peptid bağları ile bağlanan amino asitlerin bir düzen içinde bulunmaları, proteinlerin üç boyutlu yapılarını belirlemektedir. Proteinler, bu üç boyutlu yapılarına göre çeşitli görevler üstlenir ve hücrenin kimyasal reaksiyonlarının çeşitli basamaklarında kullanılırlar. Eğer enerjiye ihtiyaç duyuluyorsa proteinler farklı kimyasal reaksiyonlara girerler. Eğer hücrenin amino asite ihtiyacı varsa, proteinler parçalanarak amino asitlerine ayrılırlar. Ayrıca proteinler hücre zarında tuğla görevini de görmektedirler. Kısacası, hücre içinde proteinlerin kullanılmadığı yer yok gibidir.24
Bir proteinin fonksiyonel özelliklerini, söz konusu üç boyutlu yapısı belirlemektedir. Gergin bir halde duran veya gelişigüzel kıvrılıp bükülen bir protein molekülü biyolojik olarak kullanılmaz durumdadır. Proteinin fonksiyon kazanabilmesi için, atomlarının uygun bir şekilde düzenlenmesi gerekir. Aynı atomlara sahip olduğu halde belli bir düzene sahip olmaması durumunda bir proteinin "protein" işlevine sahip olması mümkün değildir.
Proteinin üç boyutluluğu, atomların bu molekülü meydana getirebilmek için tercih ettikleri bağlanış biçiminden kaynaklanır. Gözle görülmeyen bu mikro alemde düzgün bir şeklin meydana gelmesi, dahası bu şeklin proteine son derece önemli ve fonksiyonel özellikler kazandırması, biyokimya veya biyoloji kitaplarında genellikle teknik bir tarifle geçilir. Oysa binlerce senedir moleküllerin bu kusursuz bağlanış biçimlerinden habersiz olan bilim adamları, henüz geçtiğimiz yüzyılda keşfettikleri bu özellik karşısında büyük bir şaşkınlık yaşamışlar ve bu kusursuzluğun kaynağını araştırmaya başlamışlardır. Bu öyle bir kusursuzluktur ki, tek bir hata sadece molekülü ortadan kaldırmakla kalmaz, molekülün yaşam verdiği organizmayı da tümüyle ortadan kaldırabilir. Bilinçsiz atomların bu mükemmel yapıya ulaşmaları, her yarattığı detayda büyük bir sanat sergileyen Rabbimiz'in yaratma sanatının örneklerinden biridir. Bu muazzam dünyayı inceleyen her insan, söz konusu kusursuz sanatı da hayranlıkla izlemektedir. Aslında, tek bir molekülün sahip olduğu kusursuz yapı ile ortaya çıkan gerçek çok açıktır. Dünyanın ve evrenin var olması, canlılığın oluşup devam edebilmesi için kusursuzluğun en küçük atom altı parçacıklardan proteinlere, hücreden evrendeki tüm sistemlere kadar hakim olması gerektiği, her yerde insanın karşısına çıkar. Allah, yarattığı tüm varlıklarda "en küçük zerresine" kadar üstün yaratışını sergileyerek bizlere yüceliğini, büyüklüğünü, gücünü ve her türlü eksiklikten uzak olduğunu hatırlatır. Allah ayetinde şu şekilde bildirir:
O, biri diğeriyle 'tam bir uyum' (mutabakat) içinde yedi gök yaratmış olandır. Rahman (olan Allah)ın yaratmasında hiçbir 'çelişki ve uygunsuzluk' (tefavüt) göremezsin. İşte gözü(nü) çevirip-gezdir; herhangi bir çatlaklık (bozukluk ve çarpıklık) görüyor musun? Sonra gözünü iki kere daha çevirip-gezdir; o göz (uyumsuzluk bulmaktan) umudunu kesmiş bir halde bitkin olarak sana dönecektir. (Mülk Suresi, 3-4)