Bazı proteinler enzim yapısındadır ve hücre içinde sürekli olarak kimyasal reaksiyonlara katılarak vücudun metabolizmasına ait faaliyetleri düzenlerler. İnsan hücresinin içinde 3500'den fazla enzim bulunmaktadır. Bunlardan bir veya birkaç tanesinin eksik olması durumunda ise hücre içi faaliyetler tamamen birbirine karışabilir. Bunun sonucu ise hücrenin parçalanıp bozulması yani canlılığın sona ermesidir.
Enzimlerin en önemli görevi DNA molekülünün kopyalanmasına yardımcı olmaktır. Bunun dışında bu akıllı moleküller, nefes almamızı, ayakta durabilmemizi, yemek yiyebilmemizi, görmemizi, konuşmamızı, büyüyüp gelişmemizi sağlamak için hiç durmadan vücut içinde hareket halindedirler. DNA'da kayıtlı olan genetik kodlara göre ribozom adı verilen hücre organelinde üretilen büyük moleküller, vücut içinde gerekli mesajları gerekli yerlere gönderir, hangi işlem için hangi organın harekete geçmesi gerektiğini bilir, hücre içindeki fazla maddeleri ayıklar ve vücut içinde sürekli olarak bir işe koşarlar. Bu moleküller, becerikli birer "denetleyicidirler".
Bir enzim molekülünü diğer protein moleküllerinden ayıran tek fark sahip olduğu üç boyutlu şekildir. Eğer enzimler kendi özelliklerini belirleyen bu özel üç boyutlu şekle sahip olmasalardı, hücre içi işlemler, beyinden çeşitli organlara iletilen bilgiler ve hücre içi denetimler olmayacak ve hücreleri yaşatmak için gerekli pek çok işlem yapılamayacaktı. Unutulmamalıdır ki, DNA'nın kopyalanması sırasında meydana gelen hataları düzeltecek tek bir enzimin var olmaması, ilgili genin işlevsiz kalmasına veya daha da kötüsü hatalı üretim yaparak kanser başlatmasına neden olabilir. Enzimlerin vücudun farklı yerlerine ulaşarak çeşitli işlemler gerçekleştirme yöntemleri de moleküler dünyadaki bir başka mucizedir. Enzimin kendisine ulaşıp haber taşıdığı, değişikliğe uğrattığı veya harekete geçirdiği molekülü tanıması gerekmektedir. Enzim, karşısındaki molekülün üzerinde bulunan çeşitli şekil ve yapılardan bu molekülün ne tip bir reaksiyona girebileceğini anlar. Artık yakından tanıdığı bu molekülde reaksiyon başlatır ve yapısında karakteristik değişiklikler meydana getirir.26 Önemli olan, bu enzimin birleşeceği molekülün üç boyutlu yapısıdır. Molekülün sahip olduğu bu üç boyutlu karmaşık geometrik yapı, mükemmel bir şekilde enzimin moleküler yapısına uyum gösterir. Bu adeta kilide uyan anahtar gibidir. İki molekül birbirlerine kenetlendiklerinde bir kilit sistemi meydana gelir ve böylelikle birbirlerini etkileyebilirler. Bu kilit sistemi sayesinde enzim, molekülde meydana gelmesi gereken değişikliği yerine getirir. Hücrede binlerce farklı reaksiyon olur ve bunların gerçekleşebilmesi için binlerce farklı enzim mevcuttur. Hücrelerimizin her birinde her dakika birkaç bin enzim reaksiyona girer. Bazen tek bir enzim tek bir saniyede 300 ayrı molekül ile bu birleşme işlemini gerçekleştirir. Bütün bu reaksiyonların gerçekleşebilmesi ve enzimlerin faaliyete geçebilmesi için vücut ısısının ve vücudun pH dengesinin de belli oranlarda olması gerekmektedir. Belirli bir ısının üzerinde iken enzimler parçalanırlar. Bu durum aynı zamanda bütün proteinlerin parçalanmasına neden olur. Dolayısıyla canlı bedeni bütün bu işlemlerin gerçekleşebilmesi için son derece hassas bir sisteme ve mekanizmaya sahip, özel olarak yaratılmış bir bedendir. Bu hassas oranlardaki herhangi bir dengesizlik, metabolizmanın tümüyle bozulmasına neden olabilir.
Bütün bu satırları okurken, bahsettiğimiz enzimlerin vücut içinde dolaşan ve gözle görünmeyecek kadar küçük bir atom yığını olduğunu unutmamalıyız. Bu atom yığınının bir başka atom yığınını tanıyarak, onun özelliklerini belirlemesi, onun bir aklın idaresinde olduğunu açıkça göstermektedir. Bunun tam tersini iddia etmeye çalışan ve böylesine bir şuurun tesadüfen ortaya çıktığını öne süren evrimciler ise, hücredeki olağanüstü kompleks tasarım karşısında son derece büyük bir çelişki içinde kalırlar. Aslında böyle bir sistemin tesadüfen ortaya çıkamayacağını kuşkusuz kendileri de çok iyi bilirler. Ama Allah'ın varlığını inkar üzerine kurulu hayat görüşleri ve çarpık ideolojileri nedeni ile bu gerçeği asla kabul etmek istemezler. Amaçları, ne kadar mantıksız olursa olsun, Allah'ın mutlak varlığını reddetmeye yönelik bir açıklama ile ortaya çıkmaktır. Oysa Allah'ın yarattıkları, Allah'ın varlığının ve yüceliğinin kesin bir gerçek olduğunu açık olarak göstermektedir.
Ülkemizin evrim teorisi savunucularından Prof. Dr. Cemal Yıldırım, aşağıdaki sözleriyle bir enzim molekülünün hücre dışında, rastlantılarla oluşma olasılığından yola çıkarak yaşamın rastgele meydana gelmesinin imkansızlığını aslında açıkça belirtmiş olur:
Tipik bir enzim 100 amino asitten oluşur. 20 tane amino asit bulunduğuna göre, 20100 kombinasyon söz konusudur. Bu kadar kombinasyon içinde bir seferde şans eseri belli bir enzimin oluşma olasılığı 10130'da birdir.27
Evrimci moleküler biyolog Prof. Dr. Ali Demirsoy ise enzimin oluşma olasılıklarını belirtirken şaşkınlığını gizlememiştir:
Bir enzim ortalama 100 amino asitten meydana gelmiştir. 100 amino asitten meydana gelmiş bir enzimin 20 amino asitle verdiği kombinasyon 20100'dür. Tüm evrendeki atom sayısının 1080, evrenin oluşumundan bugüne kadar geçen saniyelerin sayısının 1016 olduğu düşünülürse, belirli bir dizilime sahip bir enzimin ortaya çıkma şansının ne kadar düşük olduğu anlaşılabilir. Bu durumda enzimler nasıl ortaya çıkmıştır?28
Yabancı bir kaynakta ise, enzimlerin kendi kendilerine ortaya çıkmasının olanaksız olduğu şu hesaplama ile belirtilmektedir:
Bir evrimcinin (Fred Hoyle) tahminlerine göre ise canlı bir organizmada 2000 farklı kompleks enzim tipi bulunmaktadır. Bunların bir tanesinin, rastgele, karmaşık işlemlerle 20 milyar yılda bile meydana gelmesi mümkün değildir.29
Bu olasılık hesapları karşısında dilerseniz tekrar bir durup düşünelim. Hatırlanacak olursa tek bir noktanın içinde galaksimizdeki yıldız sayısından daha fazla atom bulunmaktadır. Evrendeki atom sayısı ise 1080'dir. 10 sayısının yanında 80 sıfır insanın kavrama sınırlarının çok ötesinde bir sayıdır. Bu durumda 100 amino asitlik bir enzimin tesadüflerle oluşumunu ifade eden 10130'da 1 ihtimal, pratik matematiksel karşılığı sıfır olan yani meydana gelmesi imkansız olan bir ihtimaldir. Bu açık gerçek karşısında, vücuttaki milyonlarca özel molekül arasından seçilmiş olan tek bir enzimin bile tesadüfen meydana gelemeyeceği matematiksel olarak da kanıtlanmaktadır.