Bir gülü kokladığımızda bize ulaşan şey, güle ait koku molekülleridir. Burunda koku almaya yarayan sistem de dildekine benzerdir. Moleküller, kendileri için belirlenmiş boşluklara yerleşirler; buradaki proteinler ile kimyasal bağ kurarlar ve "koku" algısının oluşacağı şekilde beyne iletilirler.
Burunda "nasal epitelyum" adı verilen hassas bir zar üzerinde birbirinden farklı kokuları hissederiz. Burada 50 milyon kadar sinir hücresi bulunmaktadır. Her bir sinir hücresi pek çok protein içerir. Bu proteinler, koku moleküllerinin uyum gösterebileceği şekilde çeşitli geometrik şekillere sahiptirler. Bir koku molekülü, şekli uyduğu sürece oradaki protein moleküllerinden birine tutunabilir. Böylelikle bu bölgede bir kutuplaşma meydana gelir. Bu kutuplaşma bir elektrik enerjisi meydana getirir ve algılanan kokunun elektrik sinyalleri alnın hemen altındaki koku alma alanına ulaşır.48 Burada farklı hücrelerden gelen bilgiler değerlendirilir ve çeşitli beyin yapılarına gönderilerek, "koku"nun nasıl ve neye ait olduğu belirlenir. Beyne gidecek bir sinyalin başlaması için molekülün yalnızca bir parçasının belirlenen alana rahatça uyması yeterlidir. Bu, daha önce tat algısında gördüğümüz tarzda bir anahtar-kilit sistemidir. Algının gerçekleşebilmesi için iki şeklin birbirlerine tam olarak uyum göstermesi, yani anahtarın kilide uyması ve bu iki molekülün birbirlerine kenetlenmeleri gerekmektedir. Eğer molekül bükülgense birden fazla alana uyabilir. Bu durumda karmaşık bir durum meydana gelir ve kokuları birbirine benzetebilir veya aynı anda tek bir koku ile birden fazla nesnenin zihnimizde belirmesini sağlayabiliriz. Örneğin burnumuza gelen bir çiçek kokusudur, ama biz onu aynı zamanda bir parfüme veya bir meyveye benzetebiliriz.
Kokunun algılanabilmesi için koku moleküllerinin uçucu ve suda çözünebilir olmaları gerekmektedir. Uçucu olmaları koku epitelyumuna ulaşabilmeleri için gereklidir. Moleküllerin çözünebilir olmaları da proteinlerin ve koku epitelyumundaki hücrelerin çıkardığı sıvı olan mukusda çözünmeleri için önemlidir. Ancak eğer molekül mukus içinde çözünemezse, bu durumda mukustaki organik moleküller çözünemeyen molekülleri su vasıtasıyla özel olarak görevlendirilmiş başka bölgelere ulaştırırlar. Moleküller burada ilgili protein ile birleşebilirler.49 Böylelikle aynı koku hissi oluşur. Yani bir başka deyişle koku moleküllerinin suda erimeme ihtimallerine karşı da özel bir tedbir alınmıştır. Beyin, şu veya bu şekilde gelen koku molekülünü mutlaka algılamaktadır.
Kokuların birbirlerinden "farklı" olmaları, biraz önce belirttiğimiz gibi esansı oluşturan koku moleküllerinin şekilleri ve bunların bağlandığı proteinlerin yapıları ile ilgilidir. Bir gülü kokladığınızda burnunuzda moleküllerle proteinlerin birbirine uyum gösterdiklerinin ve kimyasal bir faaliyet içinde olduklarının farkında bile değilsinizdir. Oysa gülden size koku olarak ulaşan şey her zaman aynıdır ve aynı tip proteinlerle bağlantı kurar. İşte bu nedenle görmeseniz de, dokunmasanız da, kokusunu duyduğunuz anda onun "gül" olduğunu hemen anlayabilirsiniz. Hiçbir zaman gülden gelen kokular, burnunuzdaki farklı bir proteine bağlanmaz ve sizde "çilek" hissi uyandırmaz. Böyle bir yanılgıya bir an bile düşmezsiniz. Çünkü bu moleküler yapı gerçekten de kusursuz bir sistemle işlemektedir. Buradaki kusursuz sistem sayesinde sadece iki koku arasındaki farkı değil, yeryüzünde bulunan, tanıyıp tanımadığımız birbirinden farklı sayısız koku molekülünü birbirinden ayırt edebiliriz.