Atomlar, bir molekülü oluşturabilmek için çeşitli şekillerde birleşirler. Ortaya çıkardıkları şekil üç boyutlu bir şekildir ve bu şekil ortaya çıkan molekül için son derece önemlidir. Daha önce de belirtildiği gibi, molekülün işlev görebilmesi, örneğin birbirlerine bağlanmış olan sodyum ve klorür atomlarının bir tuz molekülü sayılabilmeleri ancak bu üç boyutlu şeklin sağlanması ile mümkün olabilir. Molekül aynı atomlara sahip olsa, ama atomları farklı şekilde bağlansa, bu artık tuz değil bir başka molekül olacaktır. Bir maddeyi oluşturan moleküller ve atomlar en düzenli şekillerini katı hallerindeyken elde ederler. Meydana getirdikleri şekiller üç boyutlu geometrik şekillerdir ve meydana gelen prizmalarda açıların belirli oranları vardır. Bu oranlar molekülü oluşturan parçaların hiçbirinde hiçbir zaman bir değişikliğe uğramaz. Bu düzen öyle mükemmeldir ki, tek bir atom bile sıralamayı bozmaz, atomların birbiriyle birleştikleri açılar arasında 1 derecelik bile bir sapma olmaz. 60 derecelik açılarla birleşmiş olan atomlar hiçbir zaman 61 derece ile birleşmezler. Siz bu katıyı ısıtsanız, sıvı haline getirseniz, sonra buharlaştırsanız ardından tekrar onu soğutsanız, söz konusu madde yine "aynı" mükemmel şeklini alacak, atomlar adeta nerelere yerleşmeleri gerektiğini bilircesine birbirlerine aynı şekilde bağlanacak ve aralarında yine aynı hassas açılar meydana gelecektir. Yeniden biraraya geldiklerinde yine 1 derecelik bir hata bile meydana gelmeyecek, atomlar biraraya gelerek, eğer daha önce altıgen prizma meydana getirmişlerse, mutlaka yine altıgen prizma oluşturacaklardır.
Bu mükemmel düzenin madde içinde ne kadarlık bir alanda meydana geldiğini anlamak kusursuzluğun çapını fark edebilmek açısından son derece önemlidir. Bir atomun çapı 3 cm.'in yaklaşık yüz milyonda biri kadardır. 3 cm. kristalin içinde ise 100 milyon kere 100 milyon kere 100 milyon atom vardır. (100.000.000 X 100.000.000 X 100.000.000). Eğer 3 cm.'nin milyonda biri kadarlık bir alanda düzenli bir ilerleme görülüyorsa bu maddeye kristal denilebilir. Dolayısıyla her kristal düzenli bir sıralamaya sahip olan bir milyon atoma sahiptir.54 Fakat sizler bu büyüklüğü hala mikroskop altında göremezsiniz. Dolayısıyla katı bir maddeyi örneğin bir metali ne kadar çok parçaya ayırırsanız ayırın yine elinizde kristaller vardır. Çünkü geriye kalan parçalarda yine atomlar aynı düzenlerini korumaktadırlar. Eğer siz bu metal parçalarını toz haline getirirseniz, elinizde yine kristaller kalır. Ancak bu tozları veya metalin tamamını eritirseniz, kristal yapıyı büyük ölçüde kaybedersiniz.
Kristallerin düz yüzeyine "yüz" adı verilir. İki yüzün birleştiği yer ise "kenar" olarak adlandırılır. İki kenarın birleştiği yer ise "köşe"dir. Bir yüzü çevreleyen kenarlar genellikle üçgen, kare gibi basit düzlemsel şekiller oluştururlar. Bütün kristali meydana getiren yüzler birleştiğinde ise küp, dörtgen ya da altıgen prizmalar meydana gelir. Bazen bu yapı çok daha kompleks olur. Ancak yapının kompleksliği arttıkça ortaya çıkardığı simetri çok daha mükemmelleşir. Yüzler, her köşede mükemmel bir açı ile birbirlerine bağlanmıştır ve bu açılar hiçbir aşamada bir değişiklik veya bir bozukluk göstermemektedir. Prizmalar birbirini takip eder ve bu düzgün geometrik şekiller arasında milimetrenin binde biri kadarlık bile bir şaşma meydana gelmez.
Kristalin yapısının bozulması ise maddenin tümüyle farklı bir şekil alması veya dağılıp gitmesi anlamına gelir. Bu da doğadaki tüm düzeni bozacak, tanıyıp bildiğimiz pek çok maddeyi ortadan kaldıracaktır. Kısacası, bu düzende kusursuzluğun hakim olması zorunludur ve bu kusursuzluğun ve düzenin her an koruma ve gözetim altında olması gerekmektedir. Elbette bu da yaratılan herşeyin her an Allah'ın koruması altında olduğunu gözler önüne seren bir başka önemli gerçek ve mucizedir.
Birbirlerinden farklı moleküller aynı ortamda olsalar da, sahip oldukları özel kristal yapıları nedeni ile birbirlerine karışmaz ve özelliklerini yitirmezler. Örneğin aynı sıcak suyun içine attığınız tuz ve şeker kristalleri kısa bir süre içinde erir ve sıvı hale geçerler. Ama siz bu suyu buharlaştırdığınızda suyun içinde erimiş olan tuz ve şeker ayrı ayrı kristalleşecek ve aynı eski yapılarına kavuşacaklardır.55 Hiçbir zaman tuzda bulunan atomlar farklı açılarla birbirlerine bağlanmayacak, moleküllerin sıralamaları değişmeyecektir. Zaten bu sıralamada bir değişimin olması durumunda tuz başka bir molekül haline gelecektir.
Bütün bu uyum ve düzen neden bu kadar önemlidir? Bizim görmediğimiz, çoğumuzun farkında bile olmadığı bu alemde moleküllerin en hatasız açı değerlerini koruyarak mükemmel bir geometrik düzen ile birleşmeleri neden bu kadar gereklidir? Neden kendilerine has özel şekillere sahiptirler? Neden bu şekilleri asla kaybetmezler? Bu özelliklere sahip olmasalardı gerçekten yeryüzünde başıboş atomlara ve şekilsiz moleküllere mi sahip olurduk?
Eğer Allah dileseydi elbette etrafımızda gördüğümüz çeşitliliğin oluşması için herhangi bir şekle veya geometrik bir uyuma gerek olmazdı. Eğer Allah dileseydi maddenin var olması için ne atomlara ne moleküllere ihtiyaç olmazdı. Allah'ın bu mikro alemi kusursuz bir komplekslikle yaratması çok önemli bir hikmet üzerinedir. Allah, var olan herşeyin en küçük zerresine kadar Kendi üstün sanatının eseri olduğunu göstermektedir. Bu o kadar önemli bir gerçektir ki, Allah'ın varlığını inkar etmek için bir çaba içinde olanlar bile bu mükemmellik karşısında bir açıklama getirememekte, çaresizliğe düşmekte ve karşılarındaki yaratılışa hayranlık duymaktan kendilerini alamamaktadırlar. En küçük bir zerrede bile üstün bir sanatın var olması, insanların tümüne Allah'ın dışında hiçbir gücün olamayacağını açıkça kanıtlamaktadır. Allah ayetinde şöyle belirtir:
Şu halde hamd, göklerin Rabbi, yerin Rabbi ve alemlerin Rabbi Allah'ındır. Göklerde ve yerde büyüklük O'nundur. O, üstün ve güçlüdür, hüküm ve hikmet sahibidir. (Casiye Suresi, 36-37)