Proteinlerin fiziksel, kimyasal ve biyolojik özelliklerini ve bu özellikler sayesinde yerine getirecekleri görevlerini, yapılarında yer alan amino asitlerin türü, sıralanışı ve bu amino asitlerin yan zincirindeki düzenlemeler belirler. Proteinler,
1. primer,
2. sekonder,
3. tersiyer ve
4. kuaterner olmak üzere dört farklı yapıda olabilirler.
Primer (birincil) yapı, düz amino asit zincirlerinden meydana gelir. Protein primer yapısındayken fonksiyonel değildir. Ancak sekonder, tersiyer veya kuaterner yapılardan birine katılınca birtakım işlemlerde rol alabilir.
Sekonder (ikincil) yapı, uzun amino asit zincirinin bir sarmal şeklinde kıvrılması ile oluşur. Aktin, miyozin, fibrinojen, keratin ve b-karoten gibi proteinler sekonder yapıdadır.
Tersiyer (üçüncül) yapıdaki proteinler, amino asit zincirinin yün yumağını andırır şekilde katlanma, bükülme ve çeşitli bağlanmalarıyla meydana gelir.
Kuaterner (dördüncül) yapı ise, eşit veya farklı boylardaki iki veya daha fazla amino asit zincirinden meydana gelir. Bu farklı yapıların özelliklerini ve proteinlere sağladıkları işlevleri detaylandırmak bu moleküllerin ne kadar üstün bir yaratılışla yaratıldığını görmemize yardımcı olacaktır.
Unutmamak gerekir ki, proteinlerin yapıları hakkında bütün biyoloji veya biyokimya kitaplarında benzer bilgileri bulabilirsiniz. Ancak bu konuların bu kitapta anlatılmalarının nedeni, proteinleri meydana getiren yapıların, etkilerin, sistemlerin ne kadar kompleks ve içiçe geçmiş olduğunu göstermektir. Bazı evrimciler proteinlerin tesadüfen oluştuklarını iddia ederlerken, proteinlerin oluşumunu son derece basit ve tesadüfen oluşması imkan dahilindeymiş gibi anlatma yolunu seçerler. Çünkü ancak proteinlerdeki son derece kompleks yapıyı gizledikleri takdirde insanları tesadüf masalına inandırabileceklerini düşünürler. Bu nedenle proteinlerin yapısını anlatırken, amino asitlerin tesbih taneleri gibi, basit bir şekilde birbirlerine bağlanmaları ile proteinlerin oluşabileceği gibi bir üslup kullanırlar. Oysa buraya gelene kadar anlatılanlardan da anlaşılacağı gibi, proteinlerin oluşması için amino asitlerin rastgele birbirlerine eklenmeleri yeterli olmamakta, birçok koşulun aynı anda bir arada bulunması gerekmektedir. Ve bunların eksikliği durumunda da işe yarar proteinler oluşturmak mümkün olmayacaktır. Dolayısıyla aşağıdaki bilgileri okurken, tesadüflerin bu kadar ince planlar, hesaplar yapamayacaklarını, amino asitleri özel şekil ve yöntemlerle birbirlerine bağlayamayacaklarını göz önünde bulundurarak düşünmek gerekir.