Bütün bu kontroller tamamlandıktan sonra artık protein kullanıma hazırdır. Proteinler kullanılacağı yere doğru yola çıkacaktır.
Üretimin bu aşamasına kadar olan tasarım mühendisliği protein kullanım yerine ulaşana kadar devam eder. Üretilen çok kıymetli protein molekülleri hiç zarar görmeden kullanım yerine kadar götürülmelidir. Ama nasıl?
Bu sorunun cevabı hala tam olarak anlaşılmamıştır. Fakat bilindiği kadarıyla bu süreç insanı hayrete düşürecek derecede komplekstir.30
Hücre içinde üretilen proteinler, üretilip oldukları yerde bırakılmazlar. Aksi takdirde sürekli üretim yapan, ancak ürettikleri atıl kalan bir sistem oluşurdu. Ancak canlılıktaki tüm diğer sistemlerde olduğu gibi protein üretiminde de eksiksizlik ve kusursuzluk vardır. Sonuç olarak üretilen her protein, kullanılacağı veya kullanılacağı zamana kadar depolanacağı ilgili yere yine çok özel yöntemlerle taşınır. Örneğin hücre dışına gönderilecek proteinler, enerji üretmekten sorumlu organel olan mitokondride kullanılacak proteinler, çekirdekte kullanılacak proteinler hep farklı mekanizmalar kullanılarak yerlerine gönderilirler. Proteinlerin kullanım yerlerine taşınmalarında devreye giren bu özel mekanizmalar ve yollar proteinlerin "hedeflenme sistemleri" olarak anılır.31 Hangi proteinin nereye gideceğini bilmesi başlı başına bir mucize iken, gideceği yere göre ulaşım aracı belirlenmesi, paketlenmesi, ulaşım sırasında zarar görmemesi için enzimlerle desteklenmesi daha da şaşkınlık yaratan bir mucizedir.
Bu konu üzerinde uzun yıllar çalışan ve bu çalışmaları ile 1999 Nobel ödülünü alan David Sabatini ve Günter Blobel yeni üretilen proteinlerin hedeflerine ulaşabilmeleri için özel bir amino asit diziliminden oluşan bir "sinyal dizilimi" taşıdıklarını ve yerlerine ulaştıklarında ise bu sinyalden ayrıldıklarını büyük bir hayretle keşfettiler.32 Bu sinyal sayesinde hedefe doğru yola çıkan proteinin yolculuk sırasında daha fazla yardıma ihtiyacı vardır. Yeni üretilmiş birçok protein hücre içinde birçok moleküler makina ile karşılaşır. Bu makinelerden bazıları proteini tutar ve ulaşması gereken yere kadar götürür. Örneğin endoplazmik retikulum ve golgi cisimciği proteinleri gideceği yere kadar yönlendiren önemli organellerdir. Örneğin garbagease proteini üretildikten sonra 0.00025 santimetrelik bir yolculuk yapar. Sitoplazmadan lizozoma doğru olan bu yolculukta, güvenliğinin sağlanması için düzinelerce farklı proteinin çalışması gereklidir.33
Yerinizde otururken bütün hücrelerinizin aynı anda bütün bu işleri yaparak ne kadar meşgul olduğunu bir düşünün. Tek bir hücrenin yüzlerce makine kullanarak yaptığı bu üretimi trilyonlarca hücreniz aynı anda yaptığı halde vücudunuzda hiçbir hareket hissetmez ve hiçbir ses duymazsınız. Dahası, genel hatlarıyla anlatıldığında dahi sayfalarca süren, sözlü olarak anlatıldığında saatlerinizi alacak olan bu üretim, sadece 10 saniye veya en fazla bir iki dakika sürer. Dikkat edilmesi gereken bir diğer nokta ise bu sistemin, gözle görülemeyecek kadar küçük bir yerde sürdürülüyor olmasıdır. Canlılığın tesadüfen oluşan proteinlerden meydana geldiği iddiasını bütün yaratılış gerçeklerine rağmen sürdürmeye çalışan evrimci bilim adamları gerçekte bu kadar kompleks bir yaratılış karşısında tesadüfün hiçbir anlamı olmadığını bilirler. Evrimci biyolog Prof. Muammer Bilge, tek bir tesadüfe dahi izin veremeyecek kadar mükemmel çalışan bu sistem karşısındaki evrimci çaresizliği şöyle ifade etmiştir:
Bütün bu sonuçları lazım geldiği gibi sağlayabilen, kendisi için tehlike ve kayıp yaratmayan, çıkmaz sokaklara girmeyen hücrede, protein sentezi endüstrisi, diyebiliriz ki, çok mükemmel bir organizasyonla ve kusursuz bir önceden görüşle yürütülmektedir... Hücrede bütün bunlar böyle olur. Fakat nasıl becerilir, nasıl başa çıkılır? Henüz bunu tam olarak anlayamıyoruz. Sadece sonuçları görüyoruz ve sonuçları sağlayan mükemmel organizasyonun ancak bazı noktalarını fark edebilmiş bulunuyoruz. 34
Evrimci bilim adamları, yaptıkları gözlem ve araştırmalar sırasında karşılaştıkları olağanüstü tasarım karşısında hep yukarıdakine benzer şekilde "çok mükemmel bir organizasyon", "kusursuz bir önceden görüş" gibi ifadeler kullanırlar. Ancak bu mükemmelliğin, kusursuzluğun nasıl meydana geldiğini kendi teorileri ile açıklayamazlar. Nitekim bunun kendileri de farkındadırlar ve bu yüzden bu olağanüstü olayların nasıl meydana geldiğini "henüz bunu anlayamıyoruz" diyerek çaresizliklerini dile getirirler. Oysa şuursuz atomların bu kadar mükemmel bir üretim organizasyonunu oluşturup yürütemeyecekleri açıkça ortadadır. Her atomun Allah'ın aklı, ilhamı ve gücü ile hareket ettiği kesin bir gerçektir.