Deney yapıldıktan bir süre sonra, Miller'in ilkel dünya koşullarında amino asitlerin kendi kendilerine oluşabileceklerini kanıtlamak amacıyla yaptığı deneyin birçok yönden bilimsel gerçeklere uymadığı anlaşılmıştır. Bu deneyin bilimsel olarak geçersiz olduğunu gösteren noktaları ele alındığında amacın bilimsellik olmadığı kolayca görülecektir.
1. Miller'in düzeneğindeki "ilkel atmosfer" gerçekleri yansıtmıyordu. İlkel atmosferin sahip olduğu koşullar amino asitlerin ve yaşam için gerekli olan diğer yapı taşlarının oluşumuna kesinlikle izin vermez.
Oparin kimyasal evrim teorisin ortaya attığında, ilkel dünya atmosferinin şu andakinden çok farklı olduğunu ileri sürdü.66 Stanley Miller de Oparin'in 1936'da kitabına aldığı bu ilkel atmosfer varsayımlarını kullanarak Kimyasal Evrim teorisine dayanak oluşturmak istedi. Bu yüzden Oparin'in öngördüğü gibi Miller, ilkel atmosferdeki amino asit üretimini taklit ederken dünyanın atmosferinin metan(CH4), amonyak(NH3) ve hidrojenden(H2) meydana geldiğini varsaydı. Ayrıca bunun yanısıra dünya atmosferinin serbest oksijen ihtiva etmediğini de ileri sürdü. Miller'in deneyini izleyen yıllarda yeni jeokimyasal kanıtlar ve bunlar doğrultusunda yapılan deneyler Oparin ve Miller'in yapmış olduğu tahminlerin doğru olmadığını açıkça ortaya çıkardı. Aksine elde edilen bütün deliller güçlü bir şekilde ilk atmosferde hüküm süren doğal gazların karbondioksit, nitrojen ve su buharı olduğunu, metan, amonyak ve hidrojen olmadığını gösteriyordu. Dünya atmosferi hakkındaki bu bilgi Miller ve benzeri deneylerin yanlış bir atmosfer düzeneği üzerine kurulduğunu gösterdi.
Fakat Miller bu gazları zaten özel olarak kullanmıştı. Çalışmasının amacı Oparin'in 1924 yılında ortaya attığı kimyasal evrim senaryosunu deneysel olarak ispatlamaktı. Bu yüzden Miller, deneyinin parametrelerini hazırlarken Oparin zamanında bilinen ilkel atmosfer ölçülerine göre hazırlamıştı. Amaç canlılık öncesi dünyanın atmosferini oluşturmak değil, amino asitlerin oluşması için gerekli olan atmosferi oluşturmaktı aslında. Science dergisinden Richard Kerr'in ifade ettiği gibi son 30 yılda toplanan jeolojik ve jeokimyasal kanıtların hiçbiri Miller'in kullandığı ilkel atmosfer koşullarını desteklemedi.67 İlkel atmosfer koşullarının varlığını doğru kabul etmeye devam etmenin tek nedeninin kimyasal evrim teorisinin buna ihtiyaç duyması olduğu anlaşıldı. Çünkü Oparin ve Miller varsaydıkları ilkel atmosfer şartları amino asitlerin oluşabilmesi için gereken en uygun şartlardı. Normal şartlarda kimyasal olarak doğal bir atmosferde atmosferik gazlar arasında reaksiyonlar meydana gelmez. Reaksiyonlar meydana gelse bile bu reaksiyonlar da biyolojik yapı taşlarını meydana getirebilecek düzeyde olmazlar. Nötr bir atmosferde biyolojik yapı taşlarını oluşturmaya çalışmak yağ ile suyun ya da iki cansız kimyasalın reaksiyona girmesini beklemek gibi bir şeydir.
Stanley Miller'ın ve onunkine benzeyen diğer deneylerde varsayılan ilkel koşullar gerçekte ilk atmosferde mevcut olmadığı için bu deneyler hayatın kökeni hakkında hiçbir bilimsel temel oluşturmazlar. Bağımsız jeokimya çalışmaları ilk atmosferde amino asitlerin oluşumuna izin vermeyecek olan kimyasal koşulların üstün geldiğini kanıtladığına göre Miller'ın deneyinin hiçbir şeyin oluşumunu temsil etmediği anlaşılır. İşte bu nedenle, laboratuardaki bu tür deneyler kimyasal evrimin gerçekleşmesinin imkansız olduğunu göstermekle kalmaz, yaşayan sistemlerin dizaynında kaçınılmaz olarak akıl sahibi bir Yaratıcı'nın varolduğunu ispatlar.
2. Amino asitlerin oluştuğu öne sürülen dönemde, atmosferde amino asitlerin tümünü parçalayacak kadar yoğunlukta oksijen bulunuyordu.
Bir dizi jeokimyasal çalışma bitki yaşamından önce bile önemli miktarda serbest oksijenin, volkanik gazların açığa çıkması ve su buharlaşmasındaki fotodisasyon nedeniyle mevcut olduğunu gösterdi. Yaşları 3.5 milyar yıl olarak hesaplanan taşlardaki okside olmuş demir ve uranyum birikintileri atmosferde oksijen olduğunu gösteriyordu.68 Bütün bu bulgulardan oksijen miktarının, bu dönemde evrimcilerin iddia ettikleri gibi az miktarda olmadığı, aksine iddia ettikleri miktarının çok üstünde olduğu görüldü. Araştırmalar o dönemde dünya yüzeyinde evrimcilerin tahminlerinden 10 bin kat daha fazla ultraviyole ışını ulaştığını gösterdi. Bu yoğun ultraviyolenin atmosferdeki su buharı ve karbondioksidi ayrıştırarak oksijen ortaya çıkarması kaçınılmazdı.
Miller'in gözardı ettiği bu gerçek, oksijen dikkate alınmadan yapılmış olan Miller deneyini tamamen geçersiz kılıyordu. Eğer deneyde oksijen kullanılsaydı, metan; karbondioksit ve suya, amonyak ise azot ve suya dönüşecekti. Diğer taraftan, oksijenin bulunmadığı bir ortamda -henüz ozon tabakası var olmadığından- ultraviyole ışınlarına doğrudan maruz kalacak olan amino asitlerin hemen parçalanacakları da açıktı. Sonuçta ilkel dünyada oksijenin varolması da, olmaması da amino asitler için yok edici bir ortam demekti.
3. Miller, deneyinde "Soğuk Tuzak" adlı bir mekanizma kullanarak amino asitleri oluştukları anda ortamdan izole etmişti.
Bir an Stanley Miller'ın kullandığı ilkel gazların ilkel atmosferdeki koşullara tamamen benzediğini varsayalım. Peki o şartlar altında deneyinin sonucu gerçekten kimyasal evrimi destekler miydi? Hayır. Miller, deneylerinde amino asitler ve nükleik asit bazları gibi biyolojik yapı taşları olan moleküllerin yanısıra biyolojik olmayan maddeler de üretti. İnsan müdahelesi olmadığı takdirde bu biyolojik olmayan maddeler elde edilmiş olan diğer yararlı maddelerle reaksiyona girecekler ve sonuçta biyolojik olarak hiçbir anlam ifade etmeyen kimyasal bileşikleri oluşturacaklardı. Bu oluşumu engellemek ve kimyasal evrim teorisini bir trajedi ile sonuçlandırmamak için amino asitleri bozan ya da onları biyolojik olmayan bileşenlere çeviren bu kimyasalları ortamdan ayırdılar. Bunun için Stanley Miller deneyinde amino asitleri oluşur oluşmaz hemen diğer oluşan maddelerin ve ortamdaki diğer şartların zararlı etkilerden korumak için "Soğuk Tuzak" (cold trap) adlı bir mekanizma kullanmıştır. Çünkü aksi takdirde amino asitleri oluşturan ortam koşulları, bu molekülleri oluşmalarından hemen sonra imha edecekti.
Halbuki ilkel dünya koşullarında elbette Soğuk Tuzak gibi bilinçli düzenekler yoktu. Ve bu mekanizma olmadan herhangi bir çeşit amino asit elde edilse bile, bu moleküller aynı ortamda hemen parçalanacaktı. Kimyager Richard Bliss'in ifade ettiği gibi: "Bu Soğuk Tuzak mekanizması olmasa, kimyasal ürünler elektrik kaynağı tarafından yok olacaktı."69
Nitekim Miller, soğuk tuzak yerleştirmeden yaptığı daha önceki deneylerde tek bir amino asit bile elde edememişti.
Gerçekte Miller deneyiyle evrimin, "canlılığın bilinçsiz tesadüfler sonucu ortaya çıktığı" şeklindeki iddiası da çürümüştür. Çünkü deney, amino asitlerin ancak tüm koşulları özel olarak ayarlanmış bir laboratuvar ortamında, bilinçli müdahalelerle elde edilebileceğini göstermektedir.
Miller deneyi, Türkiye'deki bazı kaynaklarda hala önemli bir bilimsel bulgu gibi gösterilse de, aslında evrimci otoriteler tarafından terk edilmiş durumdadır. Son yıllarda Batılı bilim dergilerinde deneyin hayatın kökenini açıklamak yönünden bir anlam ifade etmediği belirtilmektedir. Örneğin 1998'in Şubat ayında yayınlanan ünlü evrimci bilim dergisi Earth'deki "Yaşamın Potası" başlıklı makalede şu ifadeler yer alır:
Bugün Miller'ın senaryosu şüphelerle karşılanmaktadır. Bir nedeni, jeologların ilkel atmosferin başlıca karbondioksit ve azottan oluştuğunu kabul etmeleri. Bu gazlar ise 1953'teki deneyde (Miller deneyinde) kullanılanlardan çok daha az aktifler. Kaldı ki, Miller'ın farzettiği atmosfer var olmuş olabilseydi bile, amino asitler gibi basit molekülleri çok daha karmaşık bileşiklere, proteinler gibi polimerlere dönüştürecek gerekli kimyasal değişimler nasıl oluşabilirdi ki? Miller'ın kendisi bile, problemin bu noktasında ellerini ileri uzatıp, "bu bir sorun" diyerek şiddetle iç çekmekte, "polimerleri nasıl yapacaksınız? Bu o kadar kolay değil..."70
Görüldüğü gibi, Miller'ın kendisi dahi bugün deneyinin, yaşamın kökenini açıklama adına bir anlam ifade etmediğinin farkındadır. National Geographic'in Mart 1998 sayısındaki, "Yeryüzündeki Yaşamın Kökeni" başlıklı makalede ise, konuyla ilgili şu satırlara yer verilir:
Pek çok bilim adamı bugün, ilkel atmosferin Miller'ın öne sürdüğünden farklı olduğunu tahmin ediyor. İlkel atmosferin, hidrojen, metan ve amonyaktan çok, karbondioksit ve azottan oluştuğunu düşünüyorlar. Bu ise kimyacılar için kötü haber! Karbondioksit ve azotu tepkimeye soktuklarında elde edilen organik bileşikler oldukça değersiz miktarlarda. Koca bir yüzme havuzuna atılan bir damla gıda renklendiricisiyle aynı oranda bir yoğunlukta... Bilim adamları, bu derece seyrek çözeltideki bir çorbada hayatın ortaya çıkmasını hayal etmeyi bile güç buluyor.71
Kısacası ne Miller Deneyi ne de bir başka evrimci çaba, yeryüzünde hayatın nasıl oluştuğu sorusunu cevaplayamamaktadır. Tüm araştırmalar, hayatın rastlantılarla ortaya çıkmasının imkansızlığını ortaya koymakta ve böylece hayatın yaratılmış olduğunu göstermektedir. Evrimcilerin bu açık gerçeği kabul etmemeleri ise, bilime tamamen aykırı birtakım önyargılara sahip olmalarından kaynaklanır. Nitekim Miller Deneyi'ni öğrencisi Stanley Miller ile birlikte organize eden Harold Urey, bu konuda şu itirafı yapmıştır:
Yaşamın kökeni konusunu araştıran bizler, bu konuyu ne kadar çok incelersek inceleyelim, hayatın herhangi bir yerde evrimleşmiş olamayacak kadar kompleks olduğu sonucuna varıyoruz. (Ancak) Hepimiz bir inanç ifadesi olarak, yaşamın bu gezegenin üzerinde ölü maddeden evrimleştiğine inanıyoruz. Fakat kompleksliği o kadar büyük ki, nasıl evrimleştiğini hayal etmek bile bizim için zor.72