Bazı evrimciler, bütün başarısızlığına ve geçersizliğine rağmen, hala Miller deneyini amino asitlerin cansız maddelerden tesadüfen oluştuklarına delil olarak kullanmaya çalışmaktadırlar. Oysa bu sonuç gerçekleşmiş olsaydı bile, evrimcilerin sorunları çözülmezdi, çünkü onları çok daha imkansız aşamalar beklemektedir: Amino asitlerin birleşip çok daha karmaşık bir yapıya sahip olan proteinleri oluşturmaları gerekmektedir.
Proteinlerin doğal şartlarda tesadüfen oluştuklarını öne sürmek, amino asitlerin tesadüfen oluştuklarını öne sürmekten çok daha gerçek dışı bir iddiadır. Amino asitlerin, proteinleri oluşturmak üzere uygun dizilimlerde tesadüfen birleşebilmelerinin matematiksel imkansızlığını önceki sayfalarda olasılık hesapları ile incelemiştik. Ancak protein oluşumu, kimyasal olarak da ilkel dünya koşullarında mümkün değildir.