Bu hücreler, sistemin adeta yöneticileridirler. Savaşın ilk aşamasında makrofajların ve antijen yakalayıcı diğer hücrelerin içlerine aldıkları yabancı hücrenin özelliklerini deşifre ederler. Ardından gerekli sinyali aldıklarında öldürücü T ve B hücrelerini savaşmak üzere uyarırlar. B hücreleri bu uyarı sonucunda antikor adlı silahları üretmeye başlarlar.
Yardımcı T hücreleri diğer hücreleri uyarmak için lenfokin isimli bir molekül salgılar. Bu molekül diğer hücrelerde adeta bir anahtar çevirir ve savaş alarmının başlamasını sağlar.
Yardımcı T hücresinin diğer bir hücreyi harekete geçirecek özellikte molekül üretmesi çok önemli bir ayrıntıdır.
Öncelikle bu molekülün üretilmesi, belirli bir savaş stratejisinin ürünüdür. Bu stratejiyi hücrelerin kendilerinin akledemeyeceği, veya stratejinin tesadüfen ortaya çıkamayacağı açıktır.
Strateji geliştirebilmek bile tek başına yeterli olmayacaktır. Hücrenin, diğer hücrede üretim anahtarını çevirecek molekülü, doğru olarak sentezlenmelidir. Bunu yapması için de, diğer hücrenin kimyasal yapısını tam olarak bilmesi gerekir.
Yalnızca bu molekülün üretiminde yapılacak bir hata, savunma sisteminin tam olarak felç olması anlamına gelir. Çünkü haberleşmesi olmayan bir ordu, savunmaya geçmeden yok edilecektir.
Bu molekülün varlığı bile, evrim teorisinin ne kadar gerçek dışı bir iddia olduğunu tek başına ortaya koyar. Çünkü sistemin çalışması için gereken şart, bu molekülün en başından beri var olmasıdır. Eğer yardımcı-T hücreleri, bu molekülü kullanarak diğer hücreleri savaşa çağırmazlarsa, insan bedeni virüslere teslim olur.