Yukarıda söz ettiğimiz şartlar biraraya geldiğinde tohum içinde kimyasal bazı işlemler gerçekleşir. Biraz önce de belirttiğimiz gibi tohum filizlenmeden önce uyku halindedir. Embriyonun uyku halinde kalmasını sağlayan ise bazı bitki hormonlarıdır. Bunların en önemlisi absisik asittir. Ayrıca tohumların kabuğu gaz alışverişini engelleyecek kadar sık ve sert dokulu olduğundan embriyonun faaliyetini engeller ve uyku halinde kalmasına neden olur. Tohum ıslatıldığında ise, tohum örtüsü şişer ve embriyo hücrelerinde bulunan enzimler faaliyete geçerek "giberellin" isimli yeni bir hormon salgılamaya başlarlar. Bu hormon uyku durumunda kalmayı sağlayan absisik asitin etkisini ortadan kaldırır. Bu asitin etkisinin ortadan kalkması ile de büyüme enzimleri (alfa-amilaz) faaliyete geçer. Bu enzimler besin deposu içindeki nişastanın parçalanarak şekere dönüşmesini sağlar. Ortaya çıkan şekerler embriyo hücreleri tarafından solunumda kullanılır ve böylece hücrelerin bölünmesi için gerekli enerji sağlanmış olur.52
İnsanlar bir tohumu toprağa attıklarında genellikle bu işlemlerden hiç haberdar olmazlar. Birkaç gün sonra o tohumun filizlenmesine ve yavaş yavaş bir bitki haline dönüşmesine ise doğal bir süreç olarak bakarlar. Oysa yukarıda sıraladığımız işlemler, görüldüğü gibi son derece komplekstir. Önce son derece uygun şartlar oluşmakta, ardından birbiri peşisıra kimyasal işlemler gerçekleşmekte, bir enzim diğerine etki ederek tohumun bitki haline dönüşmesini sağlamaktadır. İnsanlar bu kusursuz sistemler üzerinde biraz derinlemesine düşündüğünde, büyük bir yaratılış gerçeği ile karşı karşıya olduğunu anlayacaktır. Çünkü böyle içiçe, biri olmazsa diğeri aktif hale geçmeyen sistemlerin kör tesadüfler sonucu ortaya çıkamayacağı son derece açıktır. Üstelik bu kompleks sistem filizlenme ile de son bulmamakta, daha da mucizevi işlemlerle devam etmektedir.
Gereken koşullar sağlanıp da çimlenme başladığında tohum topraktan suyu çeker ve embriyo hücreleri bölünmeye başlar, daha sonra tohum kabuğu açılır. Filizlenme süresince bitkinin tohumdan çıkan ilk bölümü kökçüklerdir. Bitkilerdeki kök sisteminin ilk aşaması olan bu kökçükler sürekli sürgün verir ve toprakta aşağı doğru büyürler. Kökler büyüdükçe toprağı zorlamaya başlar ve yüksek derecede bir sürtünmeyle karşılaşırlar ancak hiçbir zarar görmezler. Çünkü yeni oluşan bitkinin köklerinin uç kısmındaki hücreler daima aktif haldedirler. Ve en uçtaki hücreler, kökün sert toprak parçaları arasında hareket ederken korunmasını sağlarlar. Bu koruyucu tabakanın (kaliptra) arkasındaki hücreler ise çok hızlı bölünme (mitoz bölünme) özelliğine sahip olup, kökün günde yaklaşık 11 cm. kadar uzamasını sağlarlar. Kökçükler gelişerek dallandıkça, topraktan gerekli besini emebilecekleri yüzeyi artırmanın yanında, bitkinin toprağa daha sağlam tutunmasını da sağlarlar. Buna ilave olarak kökçüklerde oluşan emici tüyler de bitkinin topraktan gerekli maddeleri emerek alma kapasitesini artırmada büyük rol oynamaktadır.53
Kökçüklerin gelişmesini, sap ve yaprakları üretecek olan tomurcukların gelişimi izler. Tohum toprak üstüne, ışığa doğru yönelir ve sürekli güçlenir. Toprağın üstüne çıkan filizin ilk gerçek yaprakları açıldığındaysa bitki, fotosentez yoluyla kendi besinini üretmeye başlar.
Buraya kadar anlatılanlar, aslında herkesin çok iyi bildiği, hatta sık sık gözlemlediği konulardır. Tohumların toprağı yararak içinden çıkmaları herkes için çok alışılmış bir görüntüdür. Ama tohumun büyümesi sırasında gerçekte bir mucize gerçekleşmektedir. Ağırlığı ancak "gram"larla ifade edilebilecek olan tohum, üzerindeki kilolarca ağırlıktaki toprağı delerek yukarı çıkarken hiç zorlanmaz. Tohumun tek amacı toprağın üstüne çıkıp ışığa ulaşmaktır. Çimlenmeye başlayan bitkiler incecik gövdeleriyle sanki boş bir alanda hareket ediyormuş ve üzerlerinde onca ağırlık yokmuşçasına, oldukça rahat bir şekilde, yavaş yavaş gün ışığına doğru yol alırlar.
Toprağın altındaki tohumun yüzeye çıkış yolu çeşitli yöntemlerle kapatılarak, gün ışığına ulaşmasını engellemek için deneyler yapılmıştır. Deneyler sonucunda ortaya çıkan sonuçlar çok şaşırtıcı olmuştur. Tohum, önüne çıkan her engelin etrafından dolaşacak kadar uzun filizler çıkartarak ya da büyüdüğü yerde baskı yaratarak sonuçta yine gün ışığına ulaşmayı başarmıştır. Tohumların filizlenme işlemi hızlandırılmış görüntü şeklinde izlendiğinde filizin kararlılığı ve yönünü şaşırmadan güneşe doğru hareket etmesi çok daha iyi anlaşılmaktadır.
Çimlenmeye başlayan tohumların amaçları güneş ışığına ulaşmak olduğu için filizler her zaman toprağın üstüne çıkacak şekilde hareket ederler. Ancak çimlenen bir tohumda iki yönde büyüme gerçekleşir. Filiz yukarıya doğru yani yerçekimine ters yönde hareket ederek büyümektedir. Kökler ise yerçekimine uygun hareket ederek toprağın içlerine doğru ilerlemektedir.
Bir bitkinin iki ayrı organının birbirine tamamen zıt yönlere doğru büyümeleri elbette ki düşündürücüdür. Nasıl olup da hem kökler hem de filiz hangi yöne gideceklerini bilmektedir?
Bitkilerde büyümeyi yönlendiren uyarılar, ışık ve yerçekimidir. Tohumdan çıkan ilk kök ve filiz bu iki çeşit uyarıya karşı oldukça duyarlı sistemlerle donatılmıştır. Filizlenen bitkinin köklerinde yerçekimi sinyallerini algılayan hücreler bulunur. Yukarıya doğru yükselen gövde kısmında ise ışığa duyarlı olan hücreler bulunur. İşte bu hücrelerin ışığa ve yerçekimine duyarlı olması da bitkinin parçalarını gereken yerlere doğru yönlendirir. Bu iki uyarı türü, köklerin ve filizin büyüme yönü eğer dikey değil de farklı bir yöne doğru ilerliyorlarsa, yönlerini düzeltmelerini de sağlar.54
Filizlenmeye başlayan tohumla ilgili dikkat çeken bir yön daha vardır. Bilindiği gibi, toprağın genel olarak çürütücü, parçalayıcı özelliği vardır. Ancak toprağın içindeki tohum ve milimetrenin yarısı inceliğindeki kökler hiçbir zarar görmezler. Aksine toprağı kullanarak sürekli gelişir ve büyürler.
Buraya kadar verilmiş olan bilgiler tekrar gözden geçirildiğinde çok olağanüstü bir durumla karşı karşıya olunduğu hemen görülecektir. Tohumu oluşturan hücreler birdenbire başkalaşmaya başlamakta ve değişik şekiller alarak bitkinin değişik bölümlerini oluşturmaktadır. Üstelik köklerde ve gövde de görüldüğü gibi farklı yönlerde hareket etmektedirler.
Gelin, kökün yerçekimiyle hareket ederek toprağın derinliklerine gitmesini, gövdenin de toprağın üstüne doğru hareket etmesini biraz daha derinlemesine düşünelim. Dıştan bakıldığında son derece güçsüz bir görünüme sahip olan bu yapıların farklı iki yöne doğru toprağı yararak yaptıkları hareketler akla pek çok soru getirmektedir. Öncelikle bu noktada göz önünde bulundurulması gereken çok önemli bir karar anı vardır. Bu karar anını, yani hücrelerin başkalaşmaya başladığı zamanı belirleyen, onlara gidecekleri yönü gösteren kimdir ya da nedir? Nasıl olup da her hücre hangi bölümde yer alacağını bilerek hareket etmektedir? Nasıl olup da bir karışıklık çıkmamakta örneğin kök hücreleri sadece toprağın içine doğru uzamakta, toprağın üstüne çıkmaya çalışmamaktadır?
Bunlara benzer bütün soruların aslında tek cevabı vardır. Bu kararı alan ve uygulayan, karışıklık çıkmaması için gerekli olan sistemleri belirleyen ve bünyesinde bunları oluşturan elbette ki bitkinin kendisi değildir. Bitkiyi oluşturan hücreler de bunları yapamazlar. Bir hücrenin tahmin ve karar yeteneği, şuuru, ışığı veya yerçekimini ayırt edebilecek bir bilinci, zekası olamaz. Başka bir canlının müdahalesiyle de bu sistemlerin oluşması mümkün değildir. Örneğin, bir insana (bitkiler konusunda dünyanın en bilgili uzmanı da olsa) yerçekimine duyarlı bir bitki hücresi meydana getir deseniz, bunu başarması mümkün değildir.
Bütün bunlar bize bitkilerin üstün ilim sahibi bir güç tarafından yaratıldıklarını ve yönlendirildiklerini gösterir. Yani bu kararı hücrelere aldırtan, onlara görevlerine göre ne yöne gitmeleri gerektiğini gösteren ve sahip oldukları tüm yapıları yaratan üstün bir akıl sahibi vardır. Benzeri olmayan bu sonsuz aklın sahibi tüm alemlerin Rabbi olan Allah'tır. Allah kuru tahta benzeri tohumlardan mucizevi işlemlerle çeşit çeşit bitkiler yaratmakta ve bu bitkiler sayesinde de yeryüzüne hayat vermektedir:
Biz gökten belli bir miktarda su indirdik ve onu yeryüzünde yerleştirdik; şüphesiz biz onu (kurutup) giderme gücüne de sahibiz. Böylelikle, bununla size hurmalıklardan, üzümlüklerden bahçeler-bağlar geliştirdik, içlerinde çok sayıda yemişler vardır; sizler onlardan yemektesiniz. (Müminun Suresi, 18-19)