Işığı emen bütün maddelere pigment adı verilir. Pigmentlerin renkleri, yansıtılan ışığın dalga boyundan, başka bir deyişle madde tarafından emilmeyen ışıktan kaynaklanır. Bütün fotosentetik hücrelerde bulunan ve bir tür pigment olan klorofil, yeşil dışında, görünen ışığın bütün dalga boylarını emer. Yaprakların yeşil olmasının sebebi yansıtılan bu ışıktır. Siyah pigmentler kendilerine çarpan ışığın bütün dalga boylarını emerler. Beyaz pigmentler ise kendilerine çarpan ışığın neredeyse bütün dalga boylarını yansıtırlar.
Örneğin bitkilerdeki klorofil ismi verilen pigmentler hem yeşil rengin oluşmasını sağlayan, hem de fotosentezin gerçekleştiği yerlerdir. Pigment, karbon, hidrojen, magnezyum, nitrojen gibi atomların biraraya gelerek oluşturdukları moleküllerin gerçekleştirdikleri bir yapıdır. İşte bu tür bir pigment olan klorofil hayatın devamında çok önemli bir role sahip olan fotosentezi, hiç durmaksızın gerçekleştirir. Klorofil pigmentinin boyutlarını düşündüğümüzde konunun ne kadar ince ve hassas hesaplar üzerine kurulu olduğu daha iyi anlaşılacaktır.
250-400 kadar klorofil molekülü gruplar şeklinde organize olarak, "fotosistem" adı verilen ve çok hayati işlemler gerçekleştiren bir yapı oluştururlar. Bir fotosistem içindeki bütün klorofil molekülleri, ışığı emme özelliğine sahiptirler; ama her fotosistemde sadece bir klorofil molekülü gerçekten ışıktan elde edilen kimyasal enerjiyi kullanır. Enerjiyi kullanan molekül, fotosistemin ortasına yerleşerek, sistemin reaksiyon merkezini tespit eder. Diğer klorofil molekülleri "anten pigmentler" olarak adlandırılırlar. Klorofil a olarak adlandırılan reaksiyon merkezinin çevresinde anten benzeri bir ağ oluşturarak reaksiyon merkezi (yani klorofil a) için ışık toplarlar. Reaksiyon merkezi 250'den fazla anten molekülünün birinden enerji aldığında, elektronlarından biri daha yüksek bir enerji seviyesine çıkarak bir alıcı moleküle transfer olur. Yani klorofil a'ya ait olan bir elektron, etrafta dizilmiş bulunan diğer klorofil moleküllerine geçer. Bu sayede zincirleme bir reaksiyon ve elektron akışı dolayısıyla fotosentez de başlamış olur.73 Bu yüzden pigment dediğimiz organlar fotosentez işlevi içinde hayati bir rol oynamaktadırlar. Bu çok özel yapılı moleküller aynı zamanda çevremizdeki yeşil bitki dünyasını oluşturmaktadırlar.