Ancak bu karmaşık tablo burada bitmez. Elektronlarını P700'e veren P680 bu aşamada elektronsuz kalmıştır. Ancak onun ihtiyacı olan elektronun karşılanması için de ayrı bir sistem kurulmuştur. P680'in elektronları, köklerden yapraklara taşınan suyun, hidrojen, oksijen iyonları ve elektronlar şeklinde parçalanmasıyla elde edilecektir. Sudan gelen elektronlar Fotosistem II'ye akarak P680'nin eksik elektronlarını tamamlarlar. Hidrojen iyonlarının bazıları, elektron taşıma zincirinin sonunda NADPH üretmek için kullanılır, oksijen ise serbest kalarak atmosfere geri döner.
Enerji ve ısının böyle aşamalı olarak serbest bırakılmasını sağlayacak, son derece kompleks ve en basit haliyle anlatıldığında dahi anlaşılması çok zor olan bir zincir sisteminin kurulması üstün bir tasarımın ve sonsuz bir aklın göstergesidir. Bu kompleks ve üstün tasarım sayesinde kloroplast ve hücrelerin zararlı miktardaki ısı artışından korunması sağlanmış, ayrıca bitkinin NADPH ve ATP gibi asıl ürünleri oluşturması için gerekli olan vakit kazanılmış olmaktadır.
Fotosentezin tasarımında ortaya çıkan bir başka mucize ise özellikle dikkat çekicidir. Yukarıda da bahsettiğimiz gibi Fotosistem I ve II'nin antenleri P700 ve P680 olarak ikiye ayrılır, bu iki antenin yakaladıkları ışık dalga boyu arasındaki 20 nanometrelik fark bütün sistemin işlemesinde özel bir anahtar görevi görmektedir. Aslında iki anten de aynı kimyasal yapıya ve şekle sahiptir ancak "Kla" adı verilen ve ışığı yakalayan birer tuzak görevi gören özel moleküllerin varlığı, aralarındaki farklılığı ortaya çıkartmaktadır. Bu akıl almayacak kadar küçük sayılar ve oranlar üzerine kurulu sistemde 20 nanometre (1 nanometre, 1 metrenin milyarda biridir.) gibi hayal edilmesi bile güç bir mesafe aralığını elde edecek özel sistemleri tasarlayan ise sonsuz ilim sahibi bir Yaratıcıdan başkası değildir.
Fotosentezin ilk aşaması olan aydınlık evre, bu kadar üstün sistemlerle çalışmasına rağmen aslında bir hazırlık aşamasıdır. Bu aşamada üretilen yakıt niteliğindeki maddeler asıl işlemlerin gerçekleştiği karanlık evrede kullanılacak, böylece bu tasarım harikası sistem tamamlanacaktır.